업무무관부동산 소급적용에 따른 추가 납부세액 계산시 결손금소급공제 가능 여부

1. 질의내용

○ 법인세법 시행규칙 제27조 제1호 에 따라 법인세 추가 부담세액 산정 시 2011 사업연도의 결손금 소급공제를 적용할 수 있는지?

2. 사실관계

○ 질의법인은 건설업을 운영하는 사업자로서 건축물 신축에 사용할 목적으로 ○○동 소재 토지(이하 “쟁점토지”)를 2010년 4월에 취득하였으나,

- 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에서 규정한 업무무관 부동산에서 제외하는 유예기간 중에 쟁점토지를 사용하지 못하고, 2015년 3월에 매각하였음

○ 질의법인은 2011~2014 사업연도 법인세 신고시 법인세법상 이월결손금 잔액이 존재하므로

- 쟁점토지에 대하여 법인세법 시행규칙 제27조 제1호 의 방법을 선택하여 법인세액을 추가납부 할 예정이며,

- 당초 2011 사업연도 법인세 신고시 결손금 소급공제를 신청하여 2010 사업연도에 대하여 납부한 기신고 결정세액을 전액 환급받은 바 있음

3. 관련 법령

○ 법인세법 제72조

① 제25조제1항제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제110조

① 법 제72조제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 법인세액"이란 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인 세액(이하 “감면세액”이라 한다)을 차감한 금액(이하 이 조에서 “직전 사업연도의 법인세액”이라 한다)을 말한다.

○ 법인세법 제27조

내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제49조

① 법 제27조제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부 령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도 하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

○ 법인세법 시행규칙 제26조

① 영 제49조제1항제1호 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간은 다음 각호에 의한다.

1. 영 제49조제1항제1호 가목에 해당하는 부동산 : 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간. 다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니 하고 양도하는 경우에는 취득일(유예기간이 경과되기 전에 제5항제2호 가목 및 나목에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제8항제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간

2. 영 제49조제1항제1호 나목에 해당하는 부동산 : 취득일(제5항제2호 가목 및 나목에 해당하는 경우에는 제8항제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간

○ 법인세법 시행규칙 제27조

영 제49조제1항제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 있는 법인은 법 제27조제1호 및 법 제28조제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 그 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도(이하 이 조 에서 "종전 사업연도"라 한다)의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 종전 사업연도의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 종전 사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

2. 종전 사업연도의 과세표준과 손금에 산입하지 아니하는 지급이자 등을 합한 금액에 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 종전 사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

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