학교법인이 소유 부동산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 부동산을 양도하는 경우 과세 여부

1. 사실관계

○ 학교법인 갑법인 은 ’91.1.30. ◈◈ 광역시 ◈ 남구 ◎동 소재 2필지 임야(이하 “쟁점 임야①･②”)을 학교 설립자의 가족으로부터 증여받아 교육용 기본재산으로 계상 하였음

- 하지만, 쟁점임야①과 ② 사이에 다른 문중 토지 688 ㎡ (이하 “문중 토지”)가 있어 갑법인 재단 소속 ◉◉고등학교의 체육시설을 조성하는데 적합하지 못하여

- 문중토지를 매입하고자 하였으나 매도거부로 매입하지 못하였음

○ 이후, ’03.1.16. 문중토지가 도시관리계획 변경에 따라 ◈◈교육청 ◈◈교육연구 정보원의 연구시설부지로 결정됨에 따라 ◈◈교육청이 문중토지를 ’04.6.14. 매입 하게 되었고

- 도시관리계획의 추가변경으로 문중토지(688㎡) 중 583㎡(이하 “쟁점농지 ”)가 ’11.9.22. ◉◉ 고등학교 학교시설지로 그리고, 쟁점임야가 ◈◈ 교육청 연구시설부지로 결정됨에 따라

- 갑법인은 쟁점임야를「사립학교법」 제12조제1항에 따라 수익용 기본재산으로 용도변경 후 ’17.12.20. ◈◈교육청에 매도하고

- 같은 날 ◈◈ 교육청이 보유하고 있는 쟁점농지를 매입하여 갑법인의 교육용 기본재산에 전입시켰음

2. 질의내용

○ 학교법인이 소유 부동산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하고 같은 날 다른 부동산을 취득하여 교육용 기본재산으로 계상한 경우

- 양도한 부동산이 법인세 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제3조

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국 법인과 외국 법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산의 처분으로 생기는 수입.

다만, 고유목적사업에 직접 사용 하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통 령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제2조

② 법 제3조제3항제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정 자산의 처분 일( ｢국가균형발전 특별법｣ 제18조 에 따라 이전하는 공공 기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다 .

이 경우 해당 고정자산의 유지 ･관리 등을 위한 관람료･입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 법인세법 기본통칙 3-2…3

비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준 으로 구분한다. <개정 2003.05.10.>

○ 법인세법 제55조의2

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도 소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. <개정 2014.12.23>

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10 (미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령 으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. (단서생략)

○ 법인세법 시행령 제92조 11

③ 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. <개정 22014.2.21>

4. 「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

○ 법인세법 제62조의2

① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리 내국 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지 의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산 양도소득등”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니 할 수 있다. 이 경우 과세 표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산 할 때 포함하지 아니한다.

1. ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호 에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하 여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제10 4조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 를 준용한다. <개정 2015.12.15>

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