정부출연금을 이월결손금 보전충당하는 경우 익금불산입 대상인지 여부

1. 사실관계

○ A 법인은 화학제품 제조 및 판매업을 영위하고 있는 법인으로 2001년 발생한 결손금 000억원 중 000억원을 공제하고 2021년말 기준 공제기간이 도과한 결손금 000억원이 있음

○ A법인은 2017년부터 2021년까지 ｢산업기술혁신촉진법｣ 등에 따른 정부출연금 등 (이하 ‘쟁점보조금’) 총 00억원을 수령

○ A법인 쟁점보조금을 舊 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전) 제18조 제6호의 ‘무상으로 받은 자산의 가액’에 해당한다고 보아

- 공제기간이 도과한 이월결손금 보전에 충당하고 익금불산입으로 세무조정에 반영하여 법인세 경정청구함

2. 질의내용

○ 연구개발진흥을 목적으로 수령한 정부출연금 등을 이월결손금에 보전하는데 충당한 경우「법인세법」제18조 제6호에 따라 익금불산입 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제18조

(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)

다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액 과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액

○ 법인세법 제18조

(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것)

다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액 (제36조에 따른 국고보조금등은 제외한다) 과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액

부칙 제11조

(2019.12.31. 법률 제16833호)

2010년 1월 1일 전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금에 대해서는 제18조 제6호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제16조

① 법 제18조 제6호에서 “대통령령으로 정하는 이월결손금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의 3 제2항 및 제46조의 3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1항 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

○ 보조금관리에 관한 법률 제2조

1. “보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가( 「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금 으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

4. “간접보조금”이란 국가 외의 자가 보조금을 재원(財源)의 전부 또는 일부로 하여 상당한 반대급부를 받지 아니하고 그 보조금의 교부 목적에 따라 다시 교부하는 급부금 을 말한다.

○ 산업기술혁신촉진법 제11조

② 산업통상자원부장관은 연구기관, 대학, 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관ㆍ단체 또는 기업 등으로 하여금 산업기술개발사업을 수행하게 할 수 있다. 이 경우 산업통상자원부장관은 다음 각 호의 자와 산업기술개발사업에 관한 협약을 체결하고 해당 사업의 수행에 드는 비용의 전부 또는 일부를 출연 또는 보조할 수 있다 .

1. 산업기술개발사업을 주관하여 수행하는 자(이하 "주관연구기관"이라 한다)

2. 산업기술개발사업을 효과적으로 수행하기 위하여 필요한 경우로서 주관연구기관 외에 해당 산업기술개발사업에 참여하는 자(이하 "참여기관"이라 한다)

법인세법 제18조 · 법인세법시행령 제16조