고유목적사업준비금 손금산입한도 증가 여부

1. 사실관계

○ A법인은 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인으로서 고유목적사업 준비금을 결산서에 반영하고 있고, 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정하고 있음

○ OO지방국세청장은 A법인의 2016년 및 2018년 사업연도에 대한 법인세 일반통합조사를 실시하여

- 업무무관 법무비용 및 법인신용카드 사용 부인액 등에 대해 손금불산입을 하였고,

- 조사대상기간인 2016년 및 2018년 사업연도는 법인세 고지결정, 조사기간 외 2017년 및 2019년 사업연도에 대해서는 A법인이 수정신고를 하였으며,

- 종전 업무무관부동산 관련비용 및 지급이자는 법인이 ｢법인세법 시행규칙｣ 제27조에 따라 양도한 날이 속하는 사업연도 (2019년) 의 법인세에 가산하여 납부하는 수정신고를 하였음

2. 질의내용

○ (질의1) 고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상한 비영리내국 법인이 과세관청의 세무조사로 인한 경정에 따라 해당 사업연도의 소득금액이 증가하는 경우

- 해당 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입한도가 증가한 것으로 보아 당초 한도초과로 손금불산입 하였던 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입할 수 있는지 여부

○ (질의2) 과세관청의 세무조사로 손금 부인된 종전 사업연도의 업무 무관부동산 관련 비용에 대한 법인세액을 양도한 날이 속하는 사업 연도의 법인세에 가산하여 납부한 경우

- 업무무관부동산을 양도한 날이 속하는 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입한도가 증가한 것으로 보아 당초 한도초과로 손금불산입 하였던 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. ｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세 가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지 사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립 ㆍ운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 ｢국세기본법｣ 제13조제3항 에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

○ 법인세법 시행령 제56조

(2020. 2.11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것)

③ 법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금 및 법정기부금을 뺀 금액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제56조

(2020. 2.11. 대통령령 제30396호로 개정된 것)

③ 법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득 금액에서 법 제66조제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 60을 이월결손금 공제한도로 적용받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 뺀 금액으로 한다.

○ 법인세법 제66조

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

○ 법인세법 시행규칙 제27조

영 제49조제1항제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 있는 법인은 법 제27조제1호 및 법 제28조제1항제4호 가목의 규정에 의하여 그 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도(이하 이 조 에서 "종전 사업연도"라 한다)의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 종전 사업연도의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 종전 사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

2. 종전 사업연도의 과세표준과 손금에 산입하지 아니하는 지급이자 등을 합한 금액에 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 종전 사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외 한다)

법인세법 제29조 · 법인세법 제66조 · 법인세법시행령 제56조 · 법인세법 시행규칙 제27조