고유목적사업준비금을 손금산입 할 수 있는지

1. 사실관계

○ A법인은 외부감사를 받는 비영리내국법인으로서 교직원 퇴직 시 지급하는 퇴직수당 중 ｢사립학교교직원 연금법｣에 명시된 부담금 규정에 의하여 매년 000억원 (이하 ‘쟁점금액’) 을 A법인이 의무적으로 부담하고 있음

○ A 법인은 쟁점금액을 국세청 유권해석 (법인46012-4425, 1995.12.4.) 에 따라 당초 법정기부금으로 손금반영하여 법인세 신고하였으나,

- ‘쟁점금액을 부담하는 것이 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 ｢법인세법 시행령｣ 제3조제1항 에 따른 수익사업 외의 사업과 관련한 지출에 해당하는 경우에는 고유목적 사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 것’이라는 최근 국세청 세법 해석 사전답변 (법령해석과-1778, 2020.6.11.) 에 따라

- 쟁점금액을 법정기부금에서 고유목적사업지출액으로 변경하는 경정 청구를 하였으며,

- 쟁점금액이 ｢사학연금법｣ 제1조 및 제4조에 따른 설립목적을 직접 수행하는 비용으로서 ｢법인세법 시행령｣ 제3조제1항 에 따른 수익 사업 외의 사업과 관련되어 고유목적사업관련 지출금액으로 보는 것에 대해서는 과세관청과 A법인 간의 이견이 없음

○ A법인은 ｢법인세법｣ 제29조제2항 및 ｢조세특례제한법｣ 제74조제1항 제9호나목에 따라 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 전액 고유 목적사업준비금으로 매년 손금에 산입하였으며,

- 수익사업에서 발생한 잉여금 전액은 손실금 보전 후 전액 고유목적 사업으로 전출하였음 ( ｢사립학교교직원 연금법｣ 제27조 )

○ 쟁점금액을 법정기부금에서 고유목적사업준비금으로 세무조정을 변경함에 따라 동일한 금액이 손금불산입, 손금산입되어 A법인의 차가감소득금액에는 변동이 없으나

- 기부금한도초과액 및 한도초과이월액이 없게 되어 각 사업연도소득 금액 및 산출세액 감소에 따른 법인세 환급세액이 발생함

2. 질의내용

○ 외부감사를 받는 비영리내국법인이 법정기부금으로 손금산입한 금액을 고유목적사업지출액으로 변경하여 경정청구를 통해 ｢법인세법｣ 제29조 에 따라 손금산입할 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제29조

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액 (제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. ｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세 가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. (생략)

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립 ㆍ운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 제74조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가. ｢공무원연금법｣에 따른 공무원연금공단

나. ｢사립학교교직원연금법｣에 따른 사립학교교직원연금공단

○ 사립학교교직원 연금법 제27조

공단은 회계연도마다 결산상 잉여금이 있으면 손실금을 보전(補塡)하고, 나머지는 사립학교교직원 연금기금의 수입으로 하여야 한다.

○ 사립학교교직원 연금법 제46조

① 국가부담금은 다음 각 호의 금액의 합계액으로 한다.

3. 퇴직수당 지급에 드는 비용 중 제47조제3항 단서에 따라 부담하는 금액

○ 사립학교교직원 연금법 제47조

③ 제1항의 법인부담금은 해당 학교 교원이 부담하는 개인부담금의 합계액 중 대통령령으로 정하는 금액 및 그 학교기관의 사무직원이 부담하는 개인부담금 합계액과 같은 금액에 교직원의 퇴직수당 지급에 드는 비용을 합한 금액으로 한다. 다만, 퇴직수당 지급에 드는 비용은 공단이 그 일부를 부담할 수 있으며, 국가는 공단에서 부담하는 비용을 제외한 나머지 비용의 일부 또는 전부를 부담한다.

○ 사립학교교직원 연금법 시행령 제69조의3

③ 퇴직수당지급비용 중 법 제47조제3항 단서에 따라 공단이 부담하는 금액은 1992년도에 공단이 퇴직수당비용으로 부담한 금액으로 한다.

조세특례제한법 제74조 · 법인세법 제29조