정부출연금으로 취득한 재화 또는 용역에 대한 매입세액이 공통매입세액 안분계산 대상인지 여부

1. 사실관계

○ 연료전지 제조업체인 ☆☆산업(주)(이하 “자문대상법인”)는 국가(과학기술정보통신부), 전문기관(한국연구재단), 사업단(한국항공우주연구원)이 발주한 국책연구과제의 주관기관으로서

- 국책연구과제를 수행하면서 지급받은 정부출연금을 「부가가치세법」제29조제5항제4호의 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하는 것으로 보아 전액 부가가치세 과세표준에서 제외하였고,

- 국책연구과제 수행에 필요한 연구기자재 등을 정부출연금과 민간부담금(주관기관 부담)으로 매입하고 관련 매입세액은 전액 공제하여 신고하였음

○ 본건 매입세액은 2018.2.14. 이후 공급하는 용역과 관련하여 2018.2.14. 이후 매입한 매입세액 중 실지 귀속을 알 수 없는 공통매입세액을 의미함

○ 자문대상법인이 국책연구과제를 수행하면서 체결한 협약*내용에 따라 국책연구과제의 성과물은 자문대상법인에게 귀속 됨

※ 연구개발과제협약서(주요 내용)

○ 과제명 : 무인이동체용 액화수소 연료전지-이차전지 하이브리드 시스템 개발

○ 연구개발비(단위 : 천원)

구 분

정부출연금

기업부담금

계

1차 연도(2016년)

300,000

100,000

400,000

2차 연도(2017년)

150,000

50,000

200,000

3차 연도(2018년)

150,000

50,000

200,000

4차 연도(2019년)

100,000

33,334

133,334

계

700,000

233,334

933,334

○ 연구개발과제 수행기관 등

구 분

기 관 명

부처

과학기술정보통신부

전문기관

한국연구재단

사업단

한국항공우주연구원

주관연구기관

☆☆산업(주)

2018년 6월 7일

[협약당사자]

사업단 : 한국항공우주연구원 원장 ○○○

주관연구기관 : ☆☆산업(주) 대표자 ○○○

제2조(연구개발의 수행)

① 주관연구기관의 장과 주관연구책임자는 과학기술정보통신부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 제12조에 따른 권한과 책임을 갖고 별첨1의 연구개발과제계획서(신청용) 및 별첨2의 연구 개발과제계획서(협약용)에 따라 성실히 수행하여야 함

제3조(연구개발비의 지급)

① 사업단 단장은 한국연구재단(이하 “전문기관”)으로부터 연구개발비를 수령하면 주관연구기관의 장에게 다음과 같이 정부출연연구개발비를 지급함

제15조(지식재산권 및 발생품의 귀속 등)

① 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 연구기자재·연구시설 및 시작품 등 유형적 성과는 주관연구기관의 장이 소유로 함

② 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 지식재산권·연구보고서의 판권 등 무형적 성과는 개별 무형적 성과를 개발한 연구기관의 단독 소유로 하고, 복수 연구기관이 공동으로 소유한 경우 그 무형적 성과를 개발한 연구기관의 공동소유로 함

2. 질의내용

○ 사업자가 국책연구과제의 주관기관으로서 해당 과제를 수행하고 국가로부터 정부출연금을 받은 경우

- 해당 출연금을 「부가가치세법 시행령」제81조제1항에 따른 국고보조금으로 보아 해당 연구과제를 수행하면서 부담한 매입세액을 안분계산하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제29조

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17, 2018.2.13>

면세사업등에 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

○ 부가가치세법 시행규칙 제54조

② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

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