내국법인이 대표이사 소유 토지 위에 건물을 신축하여 임대업 영위 시, 해당 토지 임차료의 적정시가 산정방법

1. 사실관계

○ A법인은 소프트웨어개발 및 공급, 자문 서비스업을 영위하는 비상장 내국법인 으로 ’20.11월 A법인의 대표이사가 소유하는 서울시 강남구 소재 토지(365.1㎡)를 임차하여 그 지상에

- 지하 2층 및 지상 6층의 상가 (지하2층 ~ 지상1층: 근린생활시설, 지상 2층 ~ 6층: 학원시설, 건물 연면적 1,352.3㎡)를 신축한 후 특수관계 없는 제3자 에게 임대하는 임대사업을 추가로 영위하고 있음

○ A법인은 상가 건물 신축 완료 후 제3자에게 임대료를 받는 시점 부터 대표이사에게 토지임차에 대한 세법상 적정 임차료를 지급하기로 계약하였음

2. 질의내용

○ 내국법인이 대표이사로부터 토지를 임차하여 그 토지 위에 상가건물 신축 후 임대사업을 영위하는 경우 대표이사에게 지급하는 해당 토지 임차료의 적정시가 산정방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제52조

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수 관계 인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것 으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제88조

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정 되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. ~ 5. (생략)

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율 이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차 료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제89조

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인 이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가업자가 감정 한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. ｢ 상속세 및 증여세법｣ 제38조 ･제39조･제39조의2･제39조의3, 제61조 부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액.(중략)

④ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역 제공 거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ (이하생략)

법인세법시행령 제89조 · 법인세법시행령 제88조 · 조세특례제한법 제101조 · 법인세법 제52조