적격합병 시 공제기한이 경과한 이월결손금의 승계 여부

1. 사실관계

○ ’ 21.4월 A법인은 완전자회사인 B법인을 흡수합병함

○ ’20사업연도 B법인의 이월결손금 잔액은 416억원임

- 해당 이월결손금은 ‘공제기한이 경과한 이월결손금’임

2. 질의내용

○ 적격합병 시 합병법인이 피합병법인의 과세표준을 계산할 때 공제할 수 없었던 이월결손금을 승계할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제13조

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생 한 결손금일 것

나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정 되거 나 ｢국 세기본법｣ 제45조에 따라 수정신고한 과세표준 에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

○ 법인세법 제14조

① 내 국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도 에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산 할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제15조

①    익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하 고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하 여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

○ 법인세법 18조

다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액(제36조에 따른 국고보조 금등은 제외한다)과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액

○ 법인세법 제44조

① 피 합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합 병 법 인에 양도한 것 으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생 하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다 . 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피 합 병 법인이 합병등기 일이 속하는 사업 연도의 소득금액을 계산 할 때 익금 또는 손금 에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피 합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액 "이라 한 다 )

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병 법인의 합 병 등기일 현재의 순자산 장부 가액 으로 보아 양도손익이 없는 것으 로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우 에 는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건 을 갖추지 못한 경우에 도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로 서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2.～4. (생략)

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적 격 합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인 을 합병하거나 그 다 른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서 로 다른 법인 간에 합병하는 경우

○ 법 인세법 제44조의3

① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병 법인의 자산을 장부 가액 으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가 와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13 조제 1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득 금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입 하거 나 산입 하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외 한다)을 한 합병법인은 3 년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액( 시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결 손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항 에 따라 피합병법인으로부터 승 계 받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령 으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업 연도 부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령 으로 정하는 부득이 한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병 등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

○ 법인세법 제45조

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외 한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준 을 계산할 때 피 합병법인으로 부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 [제1 13조제3항 단서에 해당 되어 회계를 구분하여 기록하지 아 니한 경우에는 그 소득 금 액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액 으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다 .

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손 금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

○ 법인세법 시행령 제10조

② 법 제13조제1항제1호에 따라 결손금을 공제할 때에는 먼저 발생 한 사업연도의 결손금 부터 차례대로 공제한다.

③ 법 제13조제1항제1호를 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 결손금은 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제된 것으로 본다.

1. 법 제17조제2항의 규정에 따라 충당된 결손금

2. 법 제18조제6호에 따라 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금

3. 법 제72조제1항의 규정에 따라 공제받은 결손금

④ 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금에는 제81조제2항 및 제83조제2항에 따른 승계결 손금의 범위액을 포함한다.

○ 법인세법 시행령 제11조

법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다 ]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함 한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조제1항제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다)

○ 법인세법 시행령 제16조

① 법 제18조제6호에서 "대통령령으로 정하는 이월결손금"이란 다음 각 호의 어느 하나 에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제14조제2항에 따른 결손금(법 제44조의3제2항 및 제46조의 3 제 2항 에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조제1항 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

○ 법인세법 시행령 제81조

② 법 제45조제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산 할 때 승계하여 공 제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병 법인의 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금( 합병등기일을 사업 연도의 개시일 로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되 , 합 병 등기 일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다.

④ 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제, 익금 산입, 법인 세 가산 및 기부금한도초과액을 손금산입 할 때 사업 의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2제7항 및 제80조의4 제8항을 준용한다.

○ 법인세법 시행령 제85조

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단, 제46조의3제2항 또는 물적분할에 따라 피합병 법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입 하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세 무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할 하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

2. 제1호 외의 경우: 법 제33조제3항ㆍ제4항 및 제34조제4항에 따라 퇴직급여충당금 또 는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계 하고 그 밖의 세무 조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

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