경정청구기간이 경과된 이후 직권경정을 통한 환급 가능여부

1. 질의내용

가. 사실관계

○ 甲법인(본점)은 정유업을 영위하는 법인으로 부가가치세를 총괄납부하고 있음

- 계약·발주·대금결제 등은 본점에서 이루어지나 운송의 편의상 재화가 소비되는 지점사업장 명의로 매입세금계산서를 수취하는 경우가 있음

○ 甲법인(본점)은 지점사업장 명의로 수취된 매입세금계산서를 甲법인 (본점) 매입세액으로 착오 공제하였고, 과세관청은 동 매입세액에 대하여 매입세액 불공제함

나. 질의내용

○ 총괄납부사업자가 지점분 매입세금계산서를 본점분 매입세액으로 착오신고 하여 매 입세액 불공제되는 동 매입세액을 지점에서 공제받으려는 경우로서

- 경정청구기간이 경과된 이후에도 직권경정을 통한 환급이 가능한지 여부

2. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27>

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신 고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손 금액 또는 환급세액을 말한다)이 세 법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구 하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세 기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

④ 「소득세법」 제73조제1항제1호 부터 제7호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지 , 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호 부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세 표 준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천 징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조 , 제164조의2 및 「법인세법」 제120조 , 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호 중 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급 세액"으로 본다. <개정 2011.12.31>

1. 원천징수의무자가 「소득세법」 제137조 , 제138조, 제143조의4, 제144조의2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

2. 원천징수의무자가 「소득세법」 제146조 및 제156조에 따라 원천 징수한 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

3. 원천징수의무자가 「법인세법」 제98조 에 따라 원천징수한 법인 세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의2에 따라 지급명 세서를 제출기한까지 제출한 경우

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령 령으로 정한다.

3. 관련법령

○ 서면인터넷방문상담2팀-13, 2006.01.04.

납세자의 신고에 의하여 과세표준이 확정되는 신고납부제도를 채택하고 있는 세목의 경우, 납세자가 착오 등에 의하여 과세표준이나 세액을 과다하게 신고한 경우에도 원칙적으로 적법한 경정청구의 절차가 없는 한 정부가 이를 감액하여야 할 의무는 없는 것이나, 과세표준과 세액의 신고내용에 명백한 오류 등이 있는 경우 세무서장이 경정 결정할 수 있는 것입니다.

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