세무 Q&A/종합소득세

2026년 5월 13일

개인병원 원장 성실신고확인대상자 신고기한 연장과 세액공제 한도

원래 질문: 개인병원 원장인데 작년 매출 8억에 직원 인건비, 의료기기 리스료, 임차료가 주요 비용이에요. 5월 종합소득세 신고 때 성실신고확인대상자에 해당해서 6월 말까지 신고 연장된다고 들었는데, 성실신고확인비용 세액공제는 얼마까지 받을 수 있나요?

매출 8억원이면 의료업 성실신고확인대상자 기준인 5억원을 넘기 때문에 신고기한이 6월 30일까지 연장됩니다. 이때 세무대리인이 장부와 증빙을 별도로 검토해서 성실신고확인서를 작성하게 되는데, 여기에 들어간 비용은 세액공제로 일부 돌려받을 수 있습니다. 성실신고확인비용 세액공제는 실제 지출한 확인비용의 60퍼센트를 종합소득세에서 직접 차감해 주는 방식입니다. 다만 한도가 있어 개인사업자는 연간 120만원까지만 공제됩니다. 예를 들어 확인비용으로 200만원을 지출했다면 60퍼센트인 120만원이 공제 가능 금액이 되어 한도까지 공제되고, 150만원을 지출했다면 90만원이 공제되는 식입니다. 여기서 짚어둘 점이 몇 가지 있습니다. 공제 대상이 되는 비용은 성실신고확인서 작성에 실제로 투입된 수수료여야 하므로, 일반적인 기장료나 조정료와는 구분해 둬야 합니다. 세무사 사무실에서 발급하는 세금계산서에 성실신고확인 수수료 항목이 별도로 명시되어 있어야 사후 점검에서도 안전합니다. 또한 산출세액 범위 안에서 공제되는 세액공제이므로, 산출세액이 부족하면 그만큼만 공제 적용된다는 점도 알아두시면 좋습니다. 원장님처럼 매출 8억 규모의 의원이면 확인 수수료가 한도를 채우는 수준으로 책정되는 경우가 많습니다. 세무사와 비용 계약을 맺을 때 확인 수수료 견적을 별도로 받아두면 공제 산정이 깔끔해집니다. 함께 챙기실 절세 포인트도 짚어드리겠습니다. 의료기기 리스료는 운용리스와 금융리스 중 어느 쪽인지에 따라 비용 처리 방식이 달라지므로 계약서를 점검해야 하고, 직원 인건비는 4대보험 신고 내역과 원천징수이행상황신고의 일치 여부가 성실신고 단계에서 집중적으로 검토됩니다. 가족을 직원으로 등재해 인건비를 잡았다면 실제 근무 사실과 동종업계 수준의 급여인지가 쟁점이 되므로 출퇴근 기록과 업무분장 자료를 미리 정리해 두시는 게 좋습니다. 마지막으로 유의할 부분은 성실신고확인 후 부실확인이 드러나면 받은 공제세액이 추징되고 가산세까지 부과될 수 있다는 점입니다. 매입 증빙과 사적경비 구분을 꼼꼼히 정리해서 세무대리인에게 넘기시기 바랍니다.
백승택 세무사

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