매입세액 공제 여부와 공통매입세액 안분방법

1. 질의내용 요약

금융업 및 소매(식품잡화) 등 과․면세 겸영하는 사업자(○○농업협동조합)가 기존 사업장에 화재 발생(2003. 9월)으로 소실되어 사업장 동일 지번에 사업장을 신축하고 건물 준공(2004. 7월)과 동시에 과세분 소매에 대하여는 별도 사업자등록을 하였으며, 금융업은 기존 사업자등록번호에 의하여 사업을 영위하고 있음. 이와 관련하여 신축시까지 발생한 신축관련 매입세금계산서를 기존 사업장으로 교부받은 경우 매입세액공제 여부와 매입세액 공제방법 등

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제17조

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31 개정)

○ 부가가치세법시행령 제61조

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 󰡒공통매입세액󰡓이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31 단서신설)

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총급가액)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. (1995. 12. 30 단서신설)

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비

○ 부가가치세법시행령 제61조 의 2

사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만,(이하생략)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 서면인터넷방문상담3팀-2406,2004.11.26

부동산 임대업으로 등록한 사업자가 사업장의 이전 또는 확장을 목적으로 다른 지역의 상가를 신규로 분양받고 이에 대한 세금계산서를 기존사업장에서 교부받은 경우 당해 상가에 관련된 매입세액은 기존의 사업장에서 공제받을 수 있는 것임

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