수정세금계산서에 의하여 수정신고 및 경정청구 가능 여부

1. 질의내용 요약

세무조사기간 중 적발된 공급가액 누락에 대하여 수정세금계산서 교부가능 착오 및 정정사유에 해당하는지 여부와 교부가능 시 수정세금계산서에 의하여 수정신고 및 경정청구 가능 여부에 대한 질의임.

※ 공급가액 누락 사유

- 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하던 건물 양도에 있어 당초 과세비율을 낮게 산정하여 공급가액 누락 적출됨.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제16조

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 󰡒세금계산서󰡓라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

(중략)

⑤ 제1항 및 제3항 외에 세금계산서의 작성․교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994.12.22. 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제59조

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (1994.12.31. 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 기본통칙 16-59-1

① 세금계산서를 교부한 후에 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 당초에 교부한 세금계산서는 주서로, 수정하여 교부하는 세금계산서는 흑서로 각각 작성하여 함께 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액만이 추가 또는 차감되는 경우에는 그 증감사유가 발생한 때에 추가되는 금액에 대하여는 흑서로, 차감되는 금액에 대하여는 주서로 교부하여야 한다. (1998. 8. 1. 개정)

○ 국세기본법 제45조

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (1994.12.22. 개정)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때 (1994.12.22. 개정)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때 (1994.12.22. 개정)

3. 제1호 및 제2호 외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다) (2000.12.29. 신설)

○ 국세기본법 제45조 의 2

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2005. 7.13. 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994.12.22. 신설)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (1994.12.22. 신설)

나. 유사사례 (질의회신, 심사․심판례, 판례)

○ 질의회신

사업자가 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 직전기 과세기간에 교부한 세금계산서의 공급가액에 대하여 착오사유가 발생한 경우에는 수정세금계산서에 당초 세금계산서의 작성일자를 기재하여 동법 제21조의 규정에 의한 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액의 경정통지 전까지 교부할 수 있는 것이며, 이 경우 당초 교부한 금액보다 수정 교부한 금액이 많은 경우 당해 사업자는 당해 수정세금계산서에 의해 매출처별 세금계산서합계표를 작성하여 국세기본법 제45조 의 규정에 의하여 수정신고 납부하여야 하는 것이며(이 경우 동법 제22조 제3항 제1호와 동조 제5항의 규정에 의한 가산세가 적용됨), 수정세금계산서를 교부받은 사업자는 동 세금계산서에 의하여 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의한 경정청구를 통하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것임.

○ 질의회신

국세기본법 제45조 (수정신고)와 관련하여 다음과 같이 질의함.

가. 수정신고를 할 수 있는 시한은 언제까지인지.

① 세무조사가 종결되어 과세표준과 세액을 확정하고 결정전 조사결과 통지를 준비하고 있을 때.

나. 유사사례 (질의회신, 심사․심판례, 판례)

② 세무조사결과에 대한 결정전 조사결과통지서가 피조사자인 당해 납세자에게 도달된 때.

③ 세무조사결과 납부고지서가 납세자에 도달된 때.

나. 수정신고 대상은 무엇인지.

① 국세기본법 제45조 제1항 제1호 및 제2호 뿐임.

② 국세기본법 제45조 제1항 제1호 및 제2호 뿐만 아니라, 세금계산서 등(매출․매입세금계산서, 의제매입세액신고서 및 재활용폐자원매입세액공제신고서, 각종 세액공제신고서 등)도 수정하여 제출할 수 있음.

1. 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 할 수 있는 것이며,

2. 수정신고 대상은 법정신고기한내에 제출한 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액을 초과하는 경우이며, 이와 부수되는 부속서류 등 관련사항은 각 세법이 규정하는 사유나 절차에 따라야 하는 것임.

○ 질의회신

사업자가 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법 시행령 제59조 본문의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 이 경우 󰡐경정하여 통지하기 전까지󰡑라 함은 부가가치세법 제21조 의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하고 그 경정한 내용이 서류 등에 의하여 사업자에게 도달하기 전까지를 말하는 것임.

나. 유사사례 (질의회신, 심사․심판례, 판례)

○ 질의회신

부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 동법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있음. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임.

○ 질의회신

사업자가 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법 제21조 의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있으며, 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이나,

귀 질의내용이 상기의 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에 해당하여 수정세금계산서를 교부할 수 있는지 여부는 그 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단할 사항임.

○ 질의회신

1. 사업자가 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법 시행령 제59조 의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 과세표준수정신고서를 제출할 수 있는 것임.

2. 다만, 귀 질의의 경우와 같이 동법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지한 후에는 동법 시행령 제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이므로 퐁 매입세액을 공제 받을 수 없는 것이므로 동 매입세액을 공제 받을 수 없는 것임.

부가가치세법 시행령 제59조 · 국세기본법 제45조 · 부가가치세법 제16조 · 국세기본법 제45조의2