수정세금계산서 교부가능 여부 및 가산세 적용여부

〔붙 임 : 참고자료〕

1. 질의내용 요약

(사실관계)

- 당해 법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인 ○○학원으로서 동 학교법인 산하에 고등교육사업을 영위하는 국민대학교가 있음

- 학교법인 ○○ 학원은 서울시 ○○ 구 ○○ 동 소재 ○○ 대학교내에서 수익사업인 주차장 운영과 임대사업을 영위할 목적으로 2003.3월 주차장(서비스/주차장)공사도급계약 및 2004.3월 종합복지관(일부 면적에 대하여 부동산/임대)공사도급 계약을 각각 체결하고 이를 신축한 후 2004.1기분부터 부가가치세를 신고하고 있으며

- 위 주차장 및 종합복지관 공사와 관련한 건축허가는 학교법인 ○○ 학원 이사장 명의로 받았고 건설공사도급계약도 학교법인 ○○ 학원 이사장 명의로 건설회사와 계약하였으며, 당해 복지관 및 주차장공사 완료 후 소유권 보존등기 역시 학교법인 ○○ 학원 소유로 등기함

- 한편 비수익사업인 고등교육사업을 영위하는 ○○ 대학교는 사업자등록증이 아닌 고유 번호(000-82-00004)를 부여받았고 위 주차장 사업에 대하여는 개업일을 2004.3.1일로 하여 학교법인 ○○ 학원 명의의 사업자등록증(000-82-00003)을 2004.3.9일 교부받음

- 당해 학교법인은 사업자등록증을 교부받은 2004.3.9 이후 위 주차장 및 종합 복지관 공사 와 관련한 매입세금계산서를 사실상의 건축주인 동시 실제 소유자인 학교법인 ○○ 학원 명의(000-82-00003)로 교부받아 부가가치세 매입세액을 공제받았어야 함에도 불구 하고 착오로 인하여 ○○ 대학교의 고유번호(000-82-00004)로 매입세금계산서를 교부받음

(질의사항)

상기와 같이 학교법인 ○○ 학원이 ○○ 대학교내에 있는 주차장 및 종합복지관 신축 관련 매입세금계산서를 착오로 ○○ 대학교의 고유번호로 교부받은 경우 2004.3.9 이후 세금계산서 수취분부터 부가가치세법 시행령 제59조 의 규정에 따라 학교법인 ○○ 학원의 사업자등록번호(000-82-00003)로 수정세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부 및 수정세금계산서를 교부한 공급자에 대하여 당 해 수정세금계산서 교부와 관련한 가산세를 적용하는지 여부에 대하여 질의함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제16조

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 󰡒세금계산서󰡓라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법시행령 제59조

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

사업자가 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 당초 적법하게 교부된 세금계산서에 대하여는 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이나, 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우 또는 당초의 공급가액에 차가감되는 금액이 발생한 경우에는 같은법 시행령 제59조 규정에 의하여 수정세금계산서를 교부한 후 당해 수정교부된 세금계산서에 의하여 국세기본법 제45조 및 제45조의 2 규정에 의하여 수정신고 및 경정청구를 할 수 있는 것임.

귀 질의 경우 당초 교부된 세금계산서가 적법하게 교부되었는지 여부는 관련거래내용 및 대금지급조건 등의 관련사실에 따라 판단할 사항임.

사업자가 부가가치세 신고시 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여는 부가가치세법 제22조 제3항 의 규정에 의한 가산세가 적용되는 것이나 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 교부한 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 동 가산세를 적용하지 아니하는 것으로, 본 질의의 경우 기재사항이 착오로 기재된 경우인지 여부는 관련 사실을 종합하여 사실판단할 사항임.

부가가치세법 제16조 · 부가가치세법 제22조 · 국세기본법 제45조 · 부가가치세법 시행령 제59조