도시철도 건설용역 영세율 적용 경정청구시 가산세 적용여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- ○○공영(주)가 ○○공단과의 계약번호 제00-0-000호 ○○선 ○○-○○간 복선전철 궤도공사 및 계약번호 제00-0-000호 ○○선 ○○-○○간 복선전철 궤도공사 수행 중 당해 공사가 도시철도건설용역 영세율공사로 소급 확대 적용되어 ○○공단으로부터 수정 신고할 것을 통보받고 2006년 1월 말경 다음과 같이 수정세금계산서를 발행함

(다 음)

-2004년 제2기 확정 분 :

당초 2004.12.29. 공급가액 47,712,018, 세액 4,771,202

수정 2004.12.29. 공급가액 -47,712,018, 세액 -4,771,202

2004.12.29. 공급가액 47,712,018

- 2005년 제1기 예정 분 :

당초 2005.02.07. 공급가액 818,181,018, 세액 8,181,882

수정 2005.02.07. 공급가액 -818,181,018, 세액 -8,181,882

2005.02.07. 공급가액 818,181,018

제1기 확정 분 :

당초 2005.06.24. 공급가액 2,6827,272,727, 세액 268,727,273

수정 2005.06.24. 공급가액 -2,6827,272,727, 세액 -268,727,273

2005.06.24. 공급가액 2,6827,272,727,

- 2005년 제2기 확정 분 :

당초 2005.12.29. 공급가액 371,326,364, 세액 37,132,636

수정 2005.12.29. 공급가액 -371,326,364, 세액 -37,132,636

2005.12.29. 공급가액 371,326,364

당초 2005.12.29. 공급가액 383,664,764, 세액 38,366,476

수정 2004.12.29. 공급가액 -383,664,764, 세액 -38,366,476

2004.12.29. 공급가액 383,664,764

1. 질의내용 요약

○ 질의사항

상기와 같이 교부된 수정세금계산서에 의하여 ○○공영(주)가 환급을 받고자 하는 경우 가산세의 적용에 대하여 질의함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제22조

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. (2003.12.30. 개정)

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

⑥ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

○ 조세특례제한법 제105조

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. (2005.12.31. 후단개정)

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

3. 다음 각목의 1에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역 (2004. 12.31. 개정)

라. 한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단 (2004.12.31. 개정)

○ 조세특례제한법 부칙 (2004.12.31. 법률 제7322호)

- 제1조

이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다.

- 제22조

제105조 제1항 제3호 라목의 개정규정은 이 법 시행 전에 계약이 체결되어 한국철도시설공단에 직접 건설용역을 공급하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법시행령 제106조

⑫ 법 제105조 제1호 내지 제4호 및 법 제106조 제1항 제1호․제4호의 규정이 적용되는 경우에는 「부가가치세법」에 의하여 예정신고․확정신고 또는 영세율 등 조기 환급 신고를 하는 때에 당해 신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. (2005. 2.19. 개정)

1. 법 제105조 제1호 내지 제3호의 2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류 (2006. 2. 9. 개정)

나. 유사사례 (예규 등)

○ 서삼46015-10185, 2003.02.03.

부가가치세 영의 세율이 적용되는 재화를 공급하면서 착오로 10％ 세율이 적용되는 세금계산서를 교부하고 이를 자신의 과세표준과 납부세액으로 사업장 관할세무서장에게 신고․납부한 사업자가 부가가치세법시행령 제59조 규정에 의하여 수정세금계산서를 교부하고 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 하는 경우에 착오로 교부한 당해 세금계산서에 의하여 작성된 매출처별세금계산서합계표에 대하여는 부가가치세법 제22조 제3항 제2호 의 규정에 의한 가산세는 적용되지 아니하는 것이나, 당초 재화의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 예정 또는 확정신고 시 영세율이 적용되는 과세표준에 대하여 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우에는 동법 제22조 제6항의 규정에 의한 가산세는 적용되는 것임.

조세특례제한법 시행령 제106조 · 부가가치세법 시행령 제59조 · 국세기본법 제45조 · 조세특례제한법 제105조 · 부가가치세법 제22조