위장세금계산서 교부시 수정신고 및 대손세액공제 가능 여부

1. 질의내용 요약

[사실관계]

○ 당사는 사료를 제조하여 공급하는 회사로 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 에서 정하는 농민에 해당하는 법인(이하 거래상대법인 이라 함)에게 사료를 공급하고 영세율 적용을 받아 오던 중 2002년 07월 이후 거래상대 법인이 농림부장관이 정하는 계열화사업자에서 제외되어 더 이상 영세율 적용을 받을 수 없게 되자, 해당 사료의 공급은 사육농가에 직접 배달하였고 매출의 관리를 거래상대 법인이 대행하였으며 세금계산서는 농민과 직접 거래한 것으로 보아 농민에게 영세율세금계산서를 교부하였음.

○ 이에 대해 과세관청은 농민에게 교부한 영세율세금계산서가 거래상대 법인으로 교부하여야 함에도 농민에게 교부한 것은 사실과 다른 세금계산서(위장세금계산서)로 보고 2005년 경정결정 하였으며, 당사는 경정에 따른 매출세액을 납부하고 이를 매출채권으로 계상하였음.

○ 이후 거래상대법인이 경영악화로 부도가 발생하였으며, 매출채권이 부가가치세법상 대손요건을 충족하여 대손세액공제를 받고자 함.

[질의내용]

○ 종전 예규(부가46015-273, 1997.02.01 외 다수)에 의하면 부가가치세 확정 신고시 신고하지 아니한 과세표준에 대해서는 대손세액공제를 적용할 수 없는 것으로 해석하였으나 부가46015-306(2002.05.01)의 유권해석에서는 종전 예규를 변경하여 확정 신고 누락으로 과세관청이 과세표준과 부가가치세액을 경정(결정)하였으나 경정(결정)일 이후에 대손사유가 발생한 경우 대손세액공제를 받을 수 있는 것으로 변경되었는바,

○ 유권해석 재소비46015-277(1998.10.16)에서 위장세금계산서를 교부한 경우 대손세액공제를 받을 수 없는 것으로 해석하고 있어, 당사의 경우 부가46015-306(2002.05.01)의 새로운 해석으로 대손세액공제 대상이 되는지, 아니면 재소비46015-277(1998.10.16)에 의거 대손세액공제를 적용 받을 수 없는지의 여부

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제17조의2

○ 부가가치세법 시행령 제63조의2

○ 부가가치세법 시행규칙 제19조의4

부가가치세법 제17조의2 · 부가가치세법 시행령 제63조의2