수정세금계산서에 의한 매입세액공제 여부

1. 질의내용

<거래관계>

사업자가 재화를 공급하고 세금계산서를 교부한 후, 공급가액을 착오로 과소하게 기재하였음을 발견하여 차액분에 대하여만 당초 교부일자를 작성일자로 하여 수정세금계산서를 교부함.

이를 수취한 공급받는 자는 관할세무서에 매입세액에 대한 경정을 청구한 바, 사실과 다른 세금계산서이므로 경정이 불가하다는 통지를 받음.

<질의내용>

위와 같은 경우에 공급자가 잘못 교부한 수정세금계산서에 대한 재차 수정세금계산서를 교부하고, 당초 과소하게 교부한 세금계산서에 대하여 적법하게 수정세금계산서를 교부하면 이를 수취한 공급받는 자가 매입세액으로 공제받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제16조

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. (이하생략)

○ 부가가치세법 시행령 제59조

법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 국세청 고시1999-40호

부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하여 국세청장이 고시한 “수정세금계산서 작성교부방법에 관한 고시(국세청고시 제81-56호, 1981.12.31)”를 다음과 같이 개정 고시합니다.

1999년 9월 8일

국 세 청 장

1. 세금계산서를 교부한 후에 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법 제21조 의 규정에 의하여 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장이 그 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 당초에 교부한 세금계산서는 주서로, 수정하는 세금계산서는 흑서로 각각 작성하여 함께 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액만이 추가 또는 차감되는 경우에는 그 증감사유가 발생한 때에 추가되는 금액에 대하여는 흑서로, 차감되는 금액에 대하여는 주서로 세금계산서를 교부할 수 있다.

나. 유사사례 (질의회신, 심사ㆍ 심판례, 판례)

○ 부가46015-684, 2000.03.30

1. 사업자가 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 과세표준수정신고서를 제출할 수 있는 것임.

2. 다만, 귀 질의의 경우와 같이 동법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지한 후에는 동법시행령 제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이므로 동 매입세액을 공제 받을 수 없는 것임.

○ 재경원소비46015-109, 1998.05.29

부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하여 사업자가 세금계산서를 수정 교부시 그 기한을 동법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지로 함에 있어서 부가가치세 환급조사시 ‘경정하여 통지하기 전’까지라 함은 서면에 의한 경정의 통지를 받기 전까지를 말함인지 아니면 부가가치세 환급기한의 종료일 전 또는 환급조사 전일까지를 말함인지.

사업자가 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 본문의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 이 경우 ‘경정하여 통지하기 전까지’라 함은 부가가치세법 제21조 의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하고 그 경정한 내용이 서류 등에 의하여 사업자에게 도달하기 전까지를 말하는 것임.

○ 부가46015-1409,1998.06.25

사업자가 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 직전기 과세기간에 교부한 세금계산서의 공급가액에 대하여 착오사유가 발생한 경우에는 수정세금계산서에 당초 세금계산서의 작성일자를 기재하여 동법 제21조의 규정에 의한 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액의 경정통지 전까지 교부할 수 있는 것이며, 이 경우 당초 교부한 금액보다 수정 교부한 금액이 많은 경우 당해 사업자는 당해 수정세금계산서에 의해 매출처별 세금계산서합계표를 작성하여 국세기본법 제45조 의 규정에 의하여 수정신고 납부하여야 하는 것이며(이 경우 동법 제22조 제3항 제1호와 동조 제5항의 규정에 의한 가산세가 적용됨), 수정세금계산서를 교부받은 사업자는 동 세금계산서에 의하여 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의한 경정청구를 통하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것임.

부가가치세법 제16조 · 부가가치세법 시행령 제59조