사업양도인이 신고한 세액을 납부하지 않은 경우 사업양도 관련 매입세액 공제 여부

1. 질의내용

법인사업자(이하 “갑”)가 수직보호망 및 추락․낙화물방지용 안전망 제조법인(이하 “을”)으로부터 아래와 같이 부동산과 기계장치 및 기타시설물을 인수하면서 매입세금계산서를 수령하였으나 “을”이 관련 부가가치세를 납부할 수 없는 때로서 사업양도에 해당하여 매입세액을 공제받을 수 없는지 여부

1. “을”법인의 공장건물과 토지는 부동산매매계약을 체결하고 금융기관 채무는 인수하였으나 외상매출금, 외상매입금, 미지급금 등 기타 채권․채무는 전혀 인수하지 않았음

2. 전사업자의 직원 중 임원진 이외에는 현재 “갑”법인에 근무함

3. “을”법인은 특허권과 실용신안권을 제3자에게 양도한 이후 공장건물 등을 매도하였으며 “갑”법인은 당해 특허권과 실용신안권의 사용과 관련하여 제3자와 임대계약을 함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제6조

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제17조

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지․건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 경우󰡓라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다.

○ 기본통칙 6-17-1

① 법 제6조 제6항 제2호의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 자산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리(미수금에 관한 것을 제외한다), 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다) 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말한다.

나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례)

○ 서삼46015-11910, 2003.12.03

부가가치세법 제6조 제6항 제2호 의 규정에 의한 사업의 양도에 해당함에도 사업양도인이 부가가치세를 거래징수하고 동법 제16조의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 동법 제19조의 규정에 의하여 부가가치세를 신고하고 납부하지 아니한 경우로서 사업양수인이 동 매입세액을 동법 제18조, 제19조 및 동법시행령 제73조 제3항의 규정에 의하여 공제받을 매입세액으로 부가가치세를 신고한 때까지 사업양도인이 신고한 세액을 전액 납부하지 아니한 경우에는

사업의 양도에 해당하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 것이므로 사업양수인의 매입세액은 공제되지 아니하는 것이며, 그 후에 사업양도인이 무납부한 세액을 납부한 경우에는 국세기본법 제51조 의 규정에 의하여 과오납으로 환급결정 하여야 하는 것임

○ 재소비46015-261, 1998.10.08

부가가치세법 제6조 제6항 및 동법시행령 제17조 제2항에 규정하는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외)를 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것임

따라서 귀 질의의 경우 일부 자산과 부채를 제외하여도 사업의 동일성이 유지되어 사업의 양도로 볼 수 있는지 여부는 양도하는 사업의 특성과 계약내용 등 관련사실을 종합하여 사실판단할 사항인 것임

국세기본법 제51조 · 부가가치세법 제6조 · 법인세법 제46조 · 부가가치세법 시행령 제17조