비영리법인의 이자소득 신고누락시 경정청구 가능 여부

1. 질의내용

○ 신고누락한 이자소득을 수정신고 후 원천징수세액에 대해 경정청구 가능한 지 여부

2. 사실관계

○ 질의법인은 수익사업으로 부동산임대소득을 영위하고 있으며 부 동산 임대소득과 이자소득이 발생

○ 2012 사업연도 법인세 신고시 부동산임대소득과 이자소득을 신고 하였으나 신고 후 2013년 8월경 예금이자 50,000,000원이 신고누 락된 사실 발견

3. 관련 법령

○ 법인세법 제60조

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세 법 제62조

① 비영리내국법인은 제3조제3항제2호에 따른 이자·할인액 및 이익( 「소득세법」 제16조제1항제11호 의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으 로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제99조

① 법 제62조제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. <개정 2010.2.18>

○ 법인세법 제3조

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2013.1.1>

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항 에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항 에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 제73조

① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14( 「소득세법」 제16조제1항제11호 의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. <개정 2010.12.30>

1. 「소득세법」 제127조제1항제1호 의 이자소득금액

2. 「소득세법」 제127조제1항제2호 의 배당소득금액[같은 법 제17조제1항제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 "투자신탁"이라 한다)의 이익만 해당한다]

○ 법인세법 제14조

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

○ 국세기본법 제3조

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 제2장제1절, 제3장제2절·제3절·제4절제26조( 「조세특례제한법」 제99조의5 에 따른 납부의무 소멸특례만 해당한다) 및 제5절, 제4장제2절( 「조세특례제한법」 제104조의7제4항 에 따른 제2차 납세의무만 해당한다), 제5장제1절·제2절제45조의2·제2절제45조의3( 「법인세법」 제62조 에 따른 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례만 해당한다)·제3절( 「조세특례제한법」 제100조의10 및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세만 해당한다), 제6장제51조 및 제52조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.

4. 관련 사례

○ 재정책-708, 2009.07.09

비영리법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 법인세법 제62조 의 규정에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 경우, 당해 이자소득을 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 따른 기한후 신고에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 과세표준에 포함시킬 수 없음

○ 국세청 법인-3688('08.11.28)

비영리내국법인이 ｢법인세법｣ 제60조 의 규정에 의한 법인세 과세표준 신고시 과세표준에 산입한 이자소득에 대하여는 신고기한이 경과한 후 수정신고 또는 경정 등을 통 하여 다시 같은 법 제62조에 규정하는 원천징수에 의한 과세방법으로 변경할 수 없음 .

○ 법인46012-1198, 2000.05.22

[질 의]

비영리내국법인이 원천징수 대상 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고납부하였으나 신고후 일부 이자소득금액이 누락된 사실이 발견 된 경우 경정 등의 청구에 의하여 누락된 이자소득을 과세표준에 포 함하여 원천징수된 이자소득세를 환급받을 수 있는지 질의함

[회 신]

비영리내국법인이 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 법인세 과세표준신고를 함에 있어 원천징수된 이자소득중 신고기한내에 과세 표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 납세의무가 종결된 것으로, 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다.

○ 국심2000서2431, 2001.02.13

당초 법인세 과세표준신고시 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하지 않았다면 쟁점이자소득은 원천징수로서 과세절차가 종결된 것임

○ 서이46012-10574, 2002.03.21

비영리내국법인이 법인세법 제62조 규정에 의한 과세표준신고특례를 적용함에 있어서 이자소득에 대한 분리과세 원천징수방법은 매 사업연도 마다 법인이 선택하여 적용할 수 있는 것이며

이 경우 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있는 것이나 당초 과세표준에 포함하여 신고한 이자소득에 대하여는 수정신고 및 경정청구에 의하여 분리과세 원천징수 방법으로 변경할 수 없는 것입니다.

○ 국심2005전3726, 2006.04.24

3) 비영리내국법인의 과세표준신고 특례규정 관련법령인 법인세법 제62조 및 같은법 시행령 제99조를 살펴보면, 비영리내국법인은 국내에서 받는 예금의 이자 등 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있다.

4) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인은 장학사업을 영위하는 비영리내국법인으로 2000사업연도에 쟁점이자 소득만 발생하여 과세표준신고를 하지 아니한 사실이 확인되고, 과세 표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 경정청구 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없으므로 쟁점 원천징수분 이자소득세를 환급하여 달라는 청구법인의 주장은 적법하지 아니한 것으로 보여진다

○ 국심2002광 580, 2002.05.22

청구법인은 쟁점이자소득을 위 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업 준비금으로서 손금계상하지 아니하였을 뿐더러 법인세법 제62조 는 비영리 내국법인의 과세표준신고 특례를 규정하면서 쟁점이자소득세와 같이 원천징수된 이자소득에 대하여는 같은법 제60조 제1항의 규정에 따른 법인세 과세표준 및 세액신고를 하지 아니할 수 있다고 규정함과 동시에 동 신고를 하지 아니한 이자소득은 원천징수로서 그 과세절차가 종결되는 것이고 이를 수정신고 또는 경정 등에 의하여 다시 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있는 바, 쟁점 이자소득세의 경우 청구법인이 당해 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금산입하여 법인세 신고기한내에 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여 제출하지 아니함에 따라 동 이자소득은 원천징수에 의하여 과세절차가 종결되었으므로 처분청이 쟁점이자소득세의 환급을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(국심 2000구 2098, 2001. 3. 13 등도 같은 뜻임).

○ 국심2000서2644, 2001.3.2.

청구법인은 1998. 8. 27 ○○○세무서장으로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인의 고유번호증(120-82-XXXXX)을 교부받은 한국선물거래소 발 기인회로 1998사업연도중에 발생한 이자소득에 대하여 100,636,040원을 원천징수납부한 후 당해 소득의 법정신고기한(1999. 3. 31)이 지난 2000. 3. 31 위 원천납부세액을 환급세액으로 하여 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 처분청에 제출하였다.

처분청은 이에 대하여 2000. 6. 12 법인세법 제62조 제1항 에 의거 청구법인은 이자소득만 있는 비영리법인으로 원천징수방법으로 납세의무가 종결되었으므로 1998사업연도 법인세 환급은 불가하다는 내용의 검토결과를 통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000. 9. 14 이 건 심판청구를 제기하였으나 , 앞에서 본 법인세법 관련규정에 의하면 청구법인은 이 건 이자소득에 대하여 1998사업연도 법인세 과세표준 신고기한내에 신고를 하지 아니 하여 분리과세 원천징수방법으로 납세의무가 종결되었고 이에 대하여는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 바, 처분청의 환급 불가 통지는 경정청구에 대한 거부처분에 해당하지 아니하고, 또한 청구법인은 세법에 의하여 납부하여야 할 세액이 있는 자가 아니므로 청구법인의 2000. 3. 31 신고는 국세기본법 제45조 의 3에 의한 기한 후 신고에도 해당되지 아니하여 위 처분청의 통지는 과세관청이 민원측면에서 환급이 불가하다는 내용을 알려주는 사실행위에 불과한 것으로 이로 인해 청구법인의 권리 또는 이익이 침해된 것이 없어 불복청구의 대상이 되는 처분이 없는데도 처분이 있는 것을 전제로 한 이 건 심판청구는 부적법한 청구로 판단된다.

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