조세특례제한법 시행령 제104조의16
조세특례제한법 시행령 제104조의16(대학재정건전화를 위한 과세특례) (법률 제36338호, 2026. 6. 3. 시행)
- 종류
- 법령
- 공포번호
- 36338
- 시행일
- 2026. 6. 3.
- 공포일
- 2026. 5. 19.
- 소관
- 재정경제부,행정안전부
학교법인이 「대학설립ㆍ운영 규정」 제7조상 수익용기본재산(토지·건축물 및 국공채·특수채·상장주식·집합투자증권 등 유가증권)을 처분하고 1년 이내(처분 사업연도 종료 후 취득 포함) 다른 수익용기본재산을 재취득하면 양도차익을 익금에 산입하지 않는 과세특례를 규정한다. 익금불산입액은 (처분가액−장부가액−이월결손금)에 처분가액 중 재취득가액 비율(100% 한도)을 곱해 산정하며, 처분 사업연도 종료일까지 미취득 시 취득예정 자산가액을 기준으로 적용할 수 있다. 특례 적용 학교법인은 양도 사업연도 과세표준신고 시 양도차익명세·분할익금명세서를, 재취득 후에는 취득완료보고서를 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 2026.2.27 개정으로 유가증권 수익용기본재산이 특례 대상에 신설·확대되었다.
① 법 제104조의16제1항 전단에서 "토지 등 대통령령으로 정하는 수익용기본재산"이란 「대학설립ㆍ운영 규정」 제7조에 따른 수익용기본재산 중 토지와 건축물(이하 이 조에서 "토지등 수익용 기본재산"이라 한다)을 말한다. <개정 2026.2.27>
② 법 제104조의16제1항 전단에서 "양도일부터 1년 이내에 다른 토지등 수익용 기본재산을 취득하는 경우"에는 종전 토지등 수익용 기본재산 처분일이 속하는 사업연도가 종료된 후 다른 토지등 수익용 기본재산을 취득하는 경우를 포함한다. <개정 2026.2.27>
③ 법 제104조의16제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2019.2.12, 2026.2.27>
1. 처분하는 토지등 수익용 기본재산의 처분가액 - (처분하는 토지등 수익용 기본재산의 장부가액 + 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금)
2. 처분하는 토지등 수익용 기본재산의 처분가액 중 취득하는 토지등 수익용 기본재산의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)
④ 제3항을 적용할 때 종전 토지등 수익용 기본재산 양도일이 속하는 사업연도의 종료일까지 다른 토지등 수익용 기본재산을 취득하지 아니한 경우 취득하는 토지등 수익용 기본재산의 가액은 취득 예정인 자산의 가액(이하 이 조에서 "취득예정 자산가액"이라 한다)으로 할 수 있다. <개정 2026.2.27>
⑤ 법 제104조의16제2항에서 "유가증권 등 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산"이란 「대학설립ㆍ운영 규정」 제7조에 따른 수익용기본재산 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 유가증권(이하 "유가증권등 수익용 기본재산"이라 한다)을 말한다. <신설 2026.2.27>
1. 국가 또는 지방자치단체가 발행한 채권 또는 증권
2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조제3항에 따른 특수채증권
3. 「소득세법」 제88조제3호에 따른 주권상장법인의 주식
4. 「소득세법」 제17조제1항제5호에 따른 집합투자기구가 발행한 집합투자증권으로서 재정경제부령으로 정하는 증권
⑥ 법 제104조의16제2항에서 양도일부터 1년 이내에 다른 유가증권등 수익용 기본재산을 취득하는 경우에는 종전 유가증권등 수익용 기본재산 처분일이 속하는 사업연도가 종료된 후 다른 유가증권등 수익용 기본재산을 취득하는 경우를 포함한다. <신설 2026.2.27>
⑦ 법 제104조의16제2항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제3항 및 제4항을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 "토지등 수익용 기본재산"은 "유가증권등 수익용 기본재산"으로 본다. <신설 2026.2.27>
⑧ 법 제104조의16제3항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다. <신설 2026.2.27>
⑨ 법 제104조의16제4항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 같은 조 제1항 전단 및 같은 조 제2항에 따라 익금에 산입하지 않은 금액 전액(취득예정 자산가액보다 낮은 가액의 자산을 취득한 경우에는 실제 취득가액을 기준으로 제3항 또는 제7항에 따라 계산한 금액을 초과하는 금액을 말한다)을 말한다. <개정 2026.2.27>
⑩ 법 제104조의16제1항 또는 제2항을 적용받으려는 학교법인은 토지등 수익용 기본재산 또는 유가증권등 수익용 기본재산의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2025.12.30, 2026.2.27>
⑪ 제4항(제7항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)을 적용받은 후 토지등 수익용 기본재산 또는 유가증권등 수익용 기본재산을 취득하는 경우에는 취득일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 취득완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2025.12.30, 2026.2.27>
제104조의16(대학재정건전화를 위한 과세특례)