쟁점세금계산서가 거짓 세금계산서로 확정되었으나 이에 상응하는 쟁점금액이 매출원가가 아닌 재고자산에 계상되었으므로 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 1996.8.25. 개업하여 OOO에서 산업용기계 제조업을 영위하는 법인이다.나. 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.9.6.～2016.11.30. 기간 동안 조사를 실시한 결과, 청구법인이 2012～2013사업연도 중 주식회사 OOO로부터 OOO 상당의 거짓 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고 쟁점거래처에 OOO 상당의 거짓 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 쟁점매입세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급한 후 가공원가 OOO을 계상하였다 하여 처분청에 자료통보를 하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점금액을 손금불산입하여 2016.12.5. 청구법인에게 법인세 2012사업연도분OOO을 경정고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.6. 이의신청을 거쳐 2017.8.14. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장고액의 이자비용이 발생하고 있는 현실, 장기간 큰 변동이 없는 매출원가율, 검찰의 법인세 포탈 혐의에 대한 불기소처분 등을 종합할 때, 청구법인이 쟁점금액을 매출원가(손금)로 계상하지 않고 재고자산으로 계상한 사실이 확인되므로 이를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.(1) 거짓 세금계산서의 수취는 일반적으로 이익을 감소시켜 세금을 줄이기 위한 것이 목적이지만, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취한 이유는 이와 달리 자금경색과 경영난에 처해 있는 거래처에 과다하게 지급한 공사대금을 회수하기 위한 목적으로 거래처의 요구에 의하여 어쩔 수 없이 수취한 것인바,청구법인의 재무상태표를 보더라도 OOO 이상의 금융부채를 가지고 있어 고액의 이자비용이 발생하고 있는 상황에서 쟁점금액을 매출원가로 반영한다면 당기순손실이 발생하여 금융권에서 채무상환 요구가 들어올 것이 예상됨에도 불구하고 세금보다 이자비용이 훨씬 많이 발생하고 있는 청구법인이 세금을 줄이기 위해 쟁점금액을 매출원가로 반영하였다는 처분청 의견은 타당하지 아니하다.(2) 청구법인의 20122013사업연도 매출액이 각각 2011사업연도 매출액보다 감소하였으나 전년 대비 2012사업연도 재고자산은 OOO, 2013사업연도 재고자산은 OOO 증가한 점에 비추어 쟁점금액이 매출원가로 손비 처리되지 않고 기말 재고자산으로 계상된 사실을 알 수 있다.만일, 청구법인이 쟁점금액을 20122013사업연도에 매출원가로 반영하였다면 해당 사업연도의 매출원가율이 급격히 증가하여야 함에도 2010～2014사업연도 매출원가율은 80～90% 사이로 큰 변화가 없는 점도 청구주장을 뒷받침하고 있는 사실이라 할 것이다.(3)「국세기본법」 제16조제1항에서는 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다고 규정하고 있는바, 처분청은 쟁점금액이 당기의 매출원가에 포함되어 있다는 구체적인 증거자료를 근거로 하여 과세하여야 했으나, 쟁점세금계산서와 관련한 품명이 기말 재고자산 명세서에 기재되어 있지 않다 하여 쟁점금액이 당기의 매출원가에 포함되어 있을 것이라는 추정에 의하여 과세하였으므로 처분청의 이 건 처분은 근거과세 원칙에 위배되는 위법한 처분이라 할 것이다.(4) 처분청은 청구법인의 재고자산 명세서의 내용이 법인세 신고시 제출된 것과 심판청구시 제출된 것이 달라 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 법인세 신고시 제출된 것은 쟁점매입세금계산서에 상응하는 실제 매입분의 원 발주처인 OOO에 대한 재고를 정확히 기재하지 못하였기 때문이고, 동 부외 재고자산에 대하여는 2016사업연도 세무조정시 OOO을 손금불산입(유보)하였다.(5) 처분청의 고발에 따라 OOO이 청구법인의 「조세범처벌법」 위반 혐의에 대하여 조사를 한 결과, 쟁점금액이 비용처리된 것으로 추정한 것일 뿐 비용처리되었다고 인정할 증거가 없고 오히려 청구법인측이 제출한 재고수불명세서상 쟁점금액분이 재고자산으로 기재되어 있어 이를 비용처리하였다고 보기 어렵다 하여 불기소결정(증거불충분)을 하였다.나. 처분청 의견쟁점금액이 청구법인의 재고자산으로 계상된 사실이 확인되지 않으므로손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.(1) 쟁점세금계산서의 매입품목란에는 구체적인 품목 없이 OOO 관련 공사들로 기재되어 있으나 결산서의 재고자산별 부속명세서에는 쟁점세금계산서의 품목 및 금액이 포함되어 있지 않는바,쟁점금액이 법인세 결산서에 첨부되어 있는 기말재고자산명세서에 어떤 계정, 어떤 품목으로 얼마가 계상되어 있는지 확인되지 않고, 이를 확인할 수 있는 다른 자료의 제출도 없었다.(2) 청구법인은 각 사업연도말 기준 재고자산의 종류별로 재고현황을 실사를 통하여 확정하고 재고자산내역을 법인 결산서에 반영하여 신고를 하였는데, 법인세 신고시 제출된 재고자산 부속명세서에는 쟁점거래처와 쟁점금액이 없었으나 심판청구시 제출된 부속명세서에는 쟁점거래처와 쟁점금액이 기재되어 있는바, 심판청구시 제출된 부속명세서는 추후 소급하여 작성된 것으로 보인다.(가) 2012사업연도 법인세 신고시 제출된 결산서상 재고자산 명세서(총괄표)에는 제품재공품원재료의 총합계 금액은 기재되어 있으나 이에 대한 부속명세는 없었고, 처분청은 조사를 진행하면서 재고자산에 대한 상세내역 제출을 요구하였으나 이를 제출받지 못하였으며, 이의신청시에도 제품재공품원재료 재고에 대한 거래처별 상세 부속명세서는 제출되지 않았다.(나) 20132014사업연도 재고자산 제품명세는 법인세 신고시 제출된 결산서상의 것과 심판청구시 제출된 제품수불명세서상의 것이 서로 다르다.(다) 청구인이 심판청구시 제출한 201320142015사업연도 재공품 명세서와 법인세 신고시 제출한 재공품 명세서를 비교하여 본바,법인세 신고시 제출된 재공품명세에는 재고로 남아있던 품목의 금액이 심판청구시 제출된 것에는 없고, 당초 신고시 제출된 재공품명세에는 없던 품목이 심판청구시 제출된 것에는 쟁점금액의 재공품재고로 추가되어 있는 사실이 확인된다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점쟁점세금계산서가 거짓 세금계산서로 확정되었으나 이에상응하는 쟁점금액이 매출원가가 아닌 재고자산에 계상되었으므로 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부나. 관련 법률법인세법제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.1.신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.(가) 청구법인의 쟁점세금계산서 수수 및 매출원가 손금불산입 내역은 아래 과 같다. 쟁점세금계산서 수수 및 매출원가 손금불산입 내역OOO(나) 쟁점세금계산서의 주요 기재 내역은 아래 와 같다.OOO(다) 청구법인의 법인세 신고시 제출된 재고자산명세 내역은 아래 와 같다.OOO(라) 처분청은 아래 , , 및 과 같이 법인세 신고시 제출된 결산서상 재고자산 명세와 심판청구시 제출된 제품수불명세서 내역의 차이를 제시하며 법인세 신고시와 심판청구시의 재고자산 명세내역이 달라 청구주장을 신뢰하기 어렵다는 의견이고, 청구법인은 가공매입이라 실제 발주처인 OOO에 공급하기 위한 재고를 표시할 수 없어 추후 정정한 것이라고 주장한다.OOO(마) 청구법인은 아래 과 같이 2010～2014사업연도 기간 동안의 재고율 및 매출원가율 등을 제시하며 2012～2013사업연도에 재고율이 급격하게 증가한 점, 쟁점금액을 매출원가에 반영하였다면 해당 사업연도의 매출원가율이 급격히 증가하여야 하나 별다른 변화가 없는 점 등을 이유로 쟁점금액이 매출원가에 반영되지 않고 재고자산에 계상되었다고 주장한다.OOO(바) 청구법인은 OOO으로부터 수취한 가공매입액이 제품 OOO으로 남아 있었고 2016사업연도 결산 당시 매출원가로 회계처리한 후 세무조정으로 OOO을 손금불산입하였다고 주장하며 아래 와 같이 2016사업연도 과목별 소득금액조정명세서를 제출하였다. 2016사업연도 과목별 소득금액조정명세서OOO(사) OOO은 2017.7.17. 청구법인 등의 「조세범처벌법」 위반 혐의에 대하여 처분청이 재고자산명세서에 허위 매입분을 구체적으로 명시하지 아니하여 비용처리된 것으로 추정한 것일 뿐 비용처리하였다고 인정할 증거가 없고 오히려 청구법인측이 제출한 재고수불명세서상 위 허위 매입분이 재고자산으로 기재되어 있어 이를 비용처리하였다고 보기 어렵다 하여 불기소결정을 하였고, 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」(허위세금계산서 교부 등) 혐의에 대하여는 기소되어 2017.9.13. 유죄가 선고OOO되었다.(아) 청구법인의 재무상태표를 보면, 2012.12.31. 및 2013.12.31. 현재 각각 부채총계는 OOO이고 이 중 단기차입금, 유동성장기부채, 사채, 장기차입금 등 금융부채 가액이 각각 OOO 자본총계는 각각 OOO, 당기순이익은 각각 OOO으로 나타나고, 2007사업연도부터 2015사업연도 이전까지는 계속하여 당기순이익을 냈던 것으로 나타난다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.(가) 처분청은 쟁점금액이 청구법인의 법인세 신고시 매출원가로 계상되어 손금불산입하여야 한다는 의견이나, 쟁점세금계산서의 허위 수수 혐의에 대하여는 검찰의 기소를 거쳐 유죄가 선고되었음에도 불구하고 쟁점금액을 손비처리하여 법인세를 포탈한 혐의에 대하여는 검찰이 동 금액이 재고수불부명세서상에 재고자산으로 기재되어 있어 비용으로 처리된 것으로는 보기 어렵다 하여 불기소처분을 한 점, 매출액 대비 재고율이 20122013사업연도에 급격히 상승하였다가 2014사업연도에는 평균 수준으로 돌아왔음에도 2011～2015사업연도 기간 동안 매출원가율은 별다른 변동이 없었던 것으로 나타나는 점, 20122013사업연도에 청구법인의 부채비율이 500% 정도에 달하였고 부채총계인 OOO 상당 중 금융기관의 것이 OOO의 비중을 차지하고 있었으며 2015사업연도 이전까지는 당기순손실의 발생이 없었던 상황임을 고려할 때 차입에 의존하는 청구법인이 영업실적에 따른 신용도 하락 및 그에 따른 대출금 회수의 위험을 감수하면서까지 가공으로 손비를 처리할 만큼 설득력 있는 유인은 사실상 없었을 것으로 보이는 점, 청구법인은 2016사업연도에 OOO을 손금불산입으로 세무조정한 점, 처분청도 쟁점금액이 가공세금계산서에 의한 것이라 손비로 처리되었을 것이라고 추정만 할 뿐 장부 등을 근거로 하여 구체적인 처리 내역을 제시하지는 못하고 있어 근거과세의 원칙에 반하는 측면이 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점금액을 매출원가에 기 반영한 것으로 단정하기는 어려운 것으로 판단된다.(나) 위와 같은 사정과 쟁점금액 중 OOO과의 거래분인 OOO이 2016사업연도 결산시 청구법인이 손금불산입한 금액과 일치하는 점 등에 비추어 해당 금액은 재고자산으로 계상한 것으로 보아 손금산입하는 것이 타당한 반면, OOO와의 거래분 OOO은 위와 같은 사정만 가지고 재고자산에 계상한 사실을 인정하기는 어렵다고 판단된다.4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.