폐업자로부터 수취한 매입세금계산 매입세액 불공제분의 손금여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 질의법인은 통신과 관련된 선로매설 및 접속공사를 하고 있는 업체로 하도급업체인 개인사업자로부터 선로접속공사와 관련한 용역을 제공받고 수취한 매입세금계산서가 있음

- 질의법인에 대한 세무조사 중 하도급업체로부터 수취한 세금계산서 중 하도급업체의 폐업신고일 이후의 수취세금계산서에 대해서는 매입세액을 불공제처리 하겠다고 함.

- 하도급업체는 폐업신고 이전부터 거래하고 있던 개입사업자로 하도급업체 대표자 개인의 문제로 인하여 자진폐업신고 이후에도 질의법인과 거래를 하고 세금계산서를 발행하였음..

○ 질의요지

질의법인이 부가가치세를 실제 하도급업체에 지불한 금액이 매입세액을 공제받을 수 없다면 당해 매입세액 불공제분이 내국법인의 각사업연도 소득금액을 산정함에 있어 손금산입 해당여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

□ 법인세법 제21조

다음 각 호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액( 부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외 한다) (2001. 12. 31. 개정) (이하생략)

□ 법인세법 시행령 제22조

① 법 제21조 제1호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 「부가가치세법」 제17조 제2항 제3호 의 규정에 의한 비영업용 소형승용자동차의 유지에 관한 매입세액 (제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다) (2005. 2. 19. 개정)

2. 「부가가치세법」 제17조 제2항 제3호 의 2의 규정에 의한 매입세액 (2005. 2. 19. 개정)

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령이 정하는 것 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) (이하생략)

□ 법인세법 시행규칙 제11조

영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

1. 「부가가치세법」 제32조 제1항 의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액 (2005. 2. 28. 개정)

2. 부동산 임차인이 부담한 전세금 및 임차보증금에 대한 매입세액 (1999. 5. 24. 개정)

□ 부가가치세법 제2조

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. (중략)

□ 부가가치세법 시행규칙 제6조

① 법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. 다만, 해산으로 인하여 청산중에 있는 내국법인 또는 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 법원으로부터 회생계획인가의 결정을 받고 회생절차를 진행중인 내국법인인 사업자는 사업을 실질적으로 폐업하는 날로부터 25일내에 사업장 관할세무서장에게 신고하여 그 승인을 얻은 경우에 한하여 잔여재산가액확정일(해산일로부터 365일이 되는 날까지 잔여재산가액이 확정되지 아니한 경우에는 그 해산일로부터 365일이 되는 날)을 폐업일로 할 수 있다. (2007. 4. 2. 단서개정)

② 폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다.

③ 법 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 사업개시일 전에 등록한 자로서 등록한 날로부터 6월이 되는 날까지 재화와 용역의 공급실적이 없는 자에 대하여는 그 6월이 되는 날을 사업을 개시하지 아니하게 되는 날로 보아 법 제3조 제3항 단서의 규정을 적용한다. 다만, 사업장의 설치기간이 6월 이상이거나 기타 정당한 사유로 인하여 사업의 개시가 지연되는 경우에는 그러하지 아니하다.

부가가치세법시행규칙 제6조 · 법인세법시행령 제22조 · 부가가치세법 제2조 · 법인세법 제21조 · 법인세법 시행규칙 제11조