후발적 사유에 의한 경정청구 가능 여부

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- ○○공사 ◇◇지사(이하 ‘○○공사’라 함)는 2001년 5월 ○○공사 신청사 준공 으로 발생하게 된 ○○공사 구청사 유휴시설에 대하여 호텔을 유치하기로 결정 2001.10.16. 임차인을 입찰선정하였고, 임차인은 2002.5.28. 호텔◇◇(이하 ‘호텔’이라 함)를 개관하여 영업을 하던 중,

- 당초 임차인이 예상한 바와 같은 영업실적이 발생하지 않자 ○○공사와의 임대차 계약 체결을 거부하고 2003년 2월 호텔선정과정에서의 용역실시 부적정 등을 이유로 공사를 상대로 손해배상 청구소송을 제기하여 2007.2.12. 종료된 바 있음

- 한편 ○○공사는 2003.1.14. 임차인에게 2002년 임대료고지서와 세금계산서(세액 34,201,220원 작성일자 2002.12.31.) 및 2003년 임대료고지서와 세금계산서(세액 49,775,370원 작성일자 2003.1.14.)를 송부하였고 ○○공사는 법정기한내에 부 가가치세를 신고 납부하였음

- 그러나 임차인은 2002년 2기 확정, 2003년 1기 예정 부가가치세 신고를 미이행하고는 ○○공사와의 소송계류 및 임대차계약 미체결 등의 사유로 10개월여가 경과된 시점에 반송하여 왔으므로 이를 재차 재송부하였으나 임차인은 미개봉 상태로 이를 재차 반송하는 등 다툼이 발생하여 그 이후로는 소송이 종료되기까지는 임대료 부분에 대하여는 세금계산서를 발행하지 않았음

(참고로 임차인은 임대료 부분은 제외하고 같은 기간에 발생한 냉∙난방비 등 시설 사용료에 대하여는 부가가치세를 신고 납부하였음)

- 그 이후 2006.12.5. 법원의 화해권고결정을 우리 ○○공사가 최종 수용, 2007.2.12. 소송이 종결됨에 따라 우리 공사는 소송으로 확정된 2002년과 2003년분 임대료에 대하여 2007.2.12.에 세금계산서(공급가액 464,653,610원 세액 46,465,360원)를 발행하여 법정신고기한내에 신고 납부하였고, 임차인 또한 위 금액을 신고하여 매입세액을 공제받은 바 있음

- 이와 아울러 ○○공사는 법원판결 이전에 기 신고 납부한 2002년 2기 확정 매출세액 34,201,220원과 2003년 1기 예정 매출세액 49,775,370원 합계 83,976,590원을 2007.4.11.에 관할세무서에 경정청구를 하였으나,

- 부가가치세법 시행령 제56조 규정에 의거 판결에 의거 확정된 임대료(2002년과 2003년분)가 464,653,609원이며 당초 2002년과 2003년 귀속 세금계산서 발행 금액이 839,766,000원(공급가액)이므로 ○○공사에서 당초 세금계산서 발행분과 판결에 의거 확정된 임대료와의 차이분(감액분) △375,112,300원에 대하여 2007년 1기에 수정세금계산서를 발행하였어야 하나, 업무착오로 인하여 2007년 1기 과세기간에 판결에 의하여 확정된 임대료(공급가액 464,653,610원, 세액 46,465,360원)에 대하여 추가 세금계산서를 발행하여 매출신고를 하였고 임차인 이 이를 매입신고하여 매입세액 공제받았으나, 관할세무서에서 경정청구에 대한 사실확인 과정에서 ○○공사가 경정청구한 2002년과 2003년분 매출에 대한 경 정청구는 경정사유가 없으며 2007년 1기 과세기간에 판결에 의하여 감액된 임대료 375,112,511원 및 착오신고한 매출액 464,653,610원에 대하여 감액경정후 환급결정 받은 바 있음

- 이와 관련하여 임차인은 ○○공사의 업무착오로 인하여 2007년 1기에 매입세액 공제받은 부분이 매입세액 불공제 사유에 해당되어 세무서로부터 추징을 당하면 ○○공사에게 동 금액만큼 구상권을 청구하겠다는 의견을 제시하고 있음

- 당초 임차인에게 판결에 의한 임대료 감액분 △375,112,300원(공급가액)에 대하여 수정세금계산서를 발행하였다면 임차인은 동 금액에 대한 부가가치세를 더 납부 하고 2002년도 및 2003년도에 미신고한 매입세액(83,976,590원)에 대한 경정 청 구를 하여 환급을 받을 수 있었으나 공사의 판단착오로 손해를 입게 되었으므로 구상권 청구는 당연하다는 것임

- 호텔(임차인) 측은 2006.12.5. 법원의 화해권고결정을 ○○공사가 최종 수용하여 소송이 공식 종결(2007.2.12)되었을 때에 차액분 △375,112,300원(공급가액)에 대하여 수정세금계산서를 발행하였다면 국세기본법 제45조의2 제2항 의 규정에 해당 되어 2002년 및 2003년 매입세액에 대해 경정청구가 가능하다고 해석을 하고 있음

- 즉, 호텔(임차인) 측은 2002년도, 2003년도 임대료에 대한 세금계산서 수령 자체를 거부하며 부가가치세 신고시 동 세금계산서의 신고를 누락하였음에도 불구하고, 2007.2월에 ○○공사가 법원확정판결금액인 464,653,600원(공급가액)에 대하여 세금계산서를 발행하지 않고 차액분 △375,112,300원( 공급가액)에 대해서만 수정세금계산서를 발행하였다면 2002년 및 2003년도 부가가치세 경정청구가 가능하다고 주장하고 있음

※ 당해 임대건에 대한 경정청구 및 경정내용

구 분

과세기간(공급가액)

비 고

합계

2002.2기

2003.1기

2007.1기

당초신고

839

342

497

-

화해권고 이행종결(2007.2.11) 에 의거 2002.2기~2003.1기 임대료 당초 신고한 839백만원에서 375백만원 감액된 464백만원으로 확정

경정청구

△839

△342

△497

464

경정내용

464

342

497

△375

환급세액

△839

-

-

△839

* 위 표 당초신고란의 2007.1기 매출과표 464백만원은 화해권고 결정에 따른 2002년 2기~2003년 1기분 임대료 신고금액임

나. 질의내용

- 임차인 측이 2002년 2기 및 2003년 1기 임대료에 대한 세금계산서 수령 자체를 거부하며 부가가치세 신고시 동 임대료 관련 매입세금계산서의 신고를 누락한 채, 소송이 공식 종결(2007.2.12)된 시점에 ○○공사가 법원 확정판결금액인 464,653,600원(공급가액)에 대하여 세금계산서를 발행하지 않고 차액분 △ 375,112,300원( 공급가액)에 대해서만 수정세금계산서를 발행하였다면 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 의거 2002년 제2기 및 2003년 제1기 부가가치세 경정청구를 함으로써 동 임대료 관련 매입세액에 대한 환급을 받을 수 있었다고 하는 주장이 타당한지

2. 질의내용에 대한 자료(관련 법령 및 예규)

○ 국세기본법 제45조 의 2

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2007. 12. 31. 개정)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994. 12. 22. 신설)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (1994. 12. 22. 신설)

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 (1994. 12. 22. 신설)

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때 (1994. 12. 22. 신설)

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때 (1994. 12. 22. 신설)

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 (1994. 12. 22. 신설)

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때 (2007. 12. 31. 개정)

국세기본법 제45조의2 · 부가가치세법 시행령 제56조