2주택이 조합원입주권으로 전환된 후 양도한 경우 장기보유특별공제 적용여부

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 1999.12.14. 지하 및 지상2층으로 건축된 단독주택 취득

- 2003. 1.22. 3개의 다세대주택으로 분할

- 2006. 8. 2. 다세대주택 1개 양도

- 2009. 9.24. 재개발관리처분계획으로 다세대주택 2개에 대하여 조합원입주권 1개를 분양받음

- 2009.11.15. 조합원입주권 양도

○ 질의내용

- 조합원입주권에 대해 장기보유특별공제 적용여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제95조

① 생략

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표1

보유기간

공제율

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

7년 이상 8년 미만

100분의 21

4년 이상 5년 미만

100분의 12

8년 이상 9년 미만

100분의 24

5년 이상 6년 미만

100분의 15

9년 이상 10년 미만

100분의 27

6년 이상 7년 미만

100분의 18

10년 이상

100분의 30

표2

보유기간

공제율

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

7년 이상 8년 미만

100분의 56

4년 이상 5년 미만

100분의 32

8년 이상 9년 미만

100분의 64

5년 이상 6년 미만

100분의 40

9년 이상 10년 미만

100분의 72

6년 이상 7년 미만

100분의 48

10년 이상

100분의 80

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제166조

①~④ 생략

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다. <신설 2007.2.28>

1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

(이하 생략)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

○ 재산세과-1589, 2009.07.31.

3주택을 소유한 1세대가 주택재개발사업에 포함되어 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 양도소득세 적용세율은 기존부동산의 취득일부터 조합원입주권의 양도일까지의 보유기간이 2년이상인 경우「소득세법」제104조 제1항 제1호의 세율(일반세율)을 적용하고, 장기보유특별공제액은 관리처분계획인가일 이후의 「부동산을 취득할 수 있는 권리 부분」에는 적용하지 않는 것이며, 「기존부동산 부분」에는 기존부동산의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 공제율을 적용하여 「소득세법」제95조 제2항 본문의 장기보유특별공제액을 계산하는 것입니다.

소득세법 제95조 · 소득세법 제104조 · 소득세법시행령 제166조