1세대 1주택 고가주택의 장기보유특별공제 적용 시 보유기간 및 거주기간의 기산일

1. 사실관계

○ 2002.12월 조정대상지역 A주택 취득 후 2005년∼2008년까지 거주

○ 2017.04월 B주택 취득하여 장기일반민간임대주택 사업자 등록

○ 2017.06월 C주택 취득

○ 2018.10월 C주택 양도

○ 2021.01월 이후 A주택(고가주택) 양도 예정

2. 질의내용

○ 장기보유특별공제액을 적용하기 위한 보유기간 및 거주기간의 기산일은 A주택의 당초 취득일인지, C주택 양도일 이후인지가 쟁점임

3. 관련법령 및 관련사례

○ 소득세법 제95 조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도 가액" 이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도 차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금 액 으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산 (제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도 하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처 분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한 정 한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금 액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택 (이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2 에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다 .

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양 도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起 算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적 용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취 득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제159 조의3

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1 세 대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ 제156조의2 및 그 밖의 규 정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기 간이 2년 이상인 것을 말한다.

소득세법시행령 제159조의3 · 소득세법 제95조