관리처분인가에 따라 상가를 제공하고 아파트를 분양받아 양도하는 경우 장기보유특별공제 방법

1. 질의내용

○ 아파트 단지내 상가를 보유하던 중 단지내 아파트를 재건축하면서 관리처분인가에 따라 상가를 제공하고 아파트를 분양받아 1세대 1주택인 상태에서 양도하는 경우 장기보유특별공제 방법

- 관리처분인가일로부터 양도일까지 기간 전부를 주택으로 보아 소득세법 제95조 제2항 표2를 적용할 수 있는지 여부

2. 사실관계

’98.12.22

’05.10.21

’09.7.14

’14.10.14

△

△

△

▲

(건물)

상가 취득

관리처분

계획인가

재건축주택

승인

주택 양도

1세대1주택

○ 1998.12.22. 서울 서초 □□ 소재 건물 73㎡(종합상가), 토지 70㎡ 취득

○ 2005.10.21. 관리처분계획인가

- 상기 상가를 제공하고 관리처분에 의하여 서울 서초 □□ 소재 ○○○아파트 ☆☆☆-2401(대지 42㎡와 위 지상아파트 85㎡)를 배정 받음

- 평가 내역 등

기존부동산 평가액

신축주택 분양가액

청산금 수령액

679,008,000

576,100,000

102,908,000

* 청산금 양도소득세 신고 필

○ 사업승인 시행일자 : 2005.12.30.

○ 건물사용승인일 : 2009.7.14.

○ 아파트 양도일자 : 2014.10.14. (1세대1주택인 경우)

3. 관련 법령

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별 공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의 3에 따른 비사업용토지는 제외한다.)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다.)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.<개정 2012.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1>

[표1]

보유기간

공제율

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

7년 이상 8년 미만

100분의 21

4년 이상 5년 미만

100분의 12

8년 이상 9년 미만

100분의 24

5년 이상 6년 미만

100분의 15

9년 이상 10년 미만

100분의 27

6년 이상 7년 미만

100분의 18

10년 이상

100분의 30

[표2]

보유기간

공제율

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

7년 이상 8년 미만

100분의 56

4년 이상 5년 미만

100분의 32

8년 이상 9년 미만

100분의 64

5년 이상 6년 미만

100분의 40

9년 이상 10년 미만

100분의 72

6년 이상 7년 미만

100분의 48

10년 이상

100분의 80

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. <개정 2014.1.1>

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제166조

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다. <개정 2001.12.31, 2003.6.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2005.12.31, 2007.2.28, 2008.2.22, 2010.2.18, 2013.2.15>

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액 (2013. 2. 15. 개정)

가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)- 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비] (2013. 2. 15. 개정)

나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액] (2013. 2. 15. 개정)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. <신설 2007.2.28>

1. 청산금을 납부한 경우

2. 청산금을 지급받는 경우

제1항제2호에 따른 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. <개정 2001.12.31, 2003.12.30, 2005.5.31, 2007.2.28>

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. <개정 2007.2.28>

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2제3항제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2제3항제1호 및 제2호에서 "양도일 또는 취득일전후"는 "관리처분계획인가일 전후"로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다. <신설 2007.2.28, 2013.2.15>

1. 제1항제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

⑥～⑧ 이하생략

○ 소득세법 시행령 제159조의2

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. <개정 2008.2.22>

○ 소득세법 시행령 제154조

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

②～⑦ 중간생략

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다. <개정 2008.2.22, 2010.12.30>

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 보유한 기간

⑨～⑪ 이하생략

소득세법시행령 제166조 · 소득세법시행령 제159조의2 · 소득세법시행령 제154조 · 소득세법 제95조