과세특례를 받은 법인이 합병으로 소멸한 경우 감면세액 추징여부

[ 질 의 ]

도소매업을 영위하고 있는 법인에게 부동산 양도대금을 1999년에 양도 즉시 증여하여 조세특례제한법 제40조 제1항 의 제요건에 해당하여 양도소득세 감면을 받고 수증법인이 3개월 이내에 금융기관차입금을 상환하고 동 사업을 계속하고 있는 중

2000년 5월에 신설하여 도소매업을 영위하고 있는 법인과 합병을 하고자 하는 바 2000년 5월 신설법인(합병법인)이 존속하고 자산 양도대금 수증법인(피합병법인 : 부동산 보유 없음)이 폐업할 경우 동법 제40조 제2항 제1호 단서에서 규정하고 있는 3년 이내 폐지한 경우의 예외 사유에 해당하는 지에 대하여 다음과 같은 설이 있어 질의함

<갑설> 합병인 경우에는 3년 이내에 사업을 폐지하는 경우의 예외에 해당하여 감면받은 양도소득세를 동 법인세에 가산하여 세액을 추징하지 아니함

(이유) 조세특례제한법 제40조 제2항 제1호 단서에서 규정하고 있는 「합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 당해 부동산을 승계하거나 파산 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우를 제외한다」에서 합병법인은 별도의 요건에 관계없이 무조건 예외 요건에 해당하고 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인만 당해 부동산을 승계하거나 파산 등 대통령령이 정하는 부득이한 경우 제외하는 것으로 해석하기 때문임

<을설> 합병인 경우에도 당해 부동산을 승계하거나 파산 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유에 해당하지 아니하여 감면받은 양도소득세를 법인세에 가산하여 합병법인에게 징수함

(이유) 합병법인도 부동산을 승계하거나 파산 등 대통령령이 정하는 사유가 있어야 하나 피합병법인의 부동산을 승계한 사실이 없기(부동산 보유사실이 없으므로) 때문임

조세특례제한법 제40조