방산물자지정이 취소된 경우 이미 영의 세율로 세금계산서를 발급한 부분에 대한 영세율 적용 여부

1. 사실관계

○ 신청인은 방산물자인 “쟁점물품”의 생산을 위한 방산업체로 지정되어 방위사업청과 4건의 쟁점물품 공급계약을 체결하여

- 납품시기가 도래하기 전에 착중도금 명목의 선수금을 받고 영세율 세금계산서를 발급하고 해당 과세기간의 과세표준으로 신고함

계약

NO

계약일

계약금액

(백만원)

납기

착중도금

(백만원)

세금계산서발급일

1

’11.08.24.

3,398

’12.04.30～’13.07.19.

1,009

’11.12.21.

2

’11.08.08.

2,283

’12.06.30.～’13.10.31.

450

’11.12.05.

3

’10.09.29.

11,985

’12.11.30.～’16.12.31.

121

’10.10.25.

1,531

’11.12.05.

4

’11.10.25.

3,480

’13.01.31.～’14.09.30.

400

’11.12.05.

합계

21,146

3,511

○ 2012.02.24. 지식경제부에서는 신청인의 부정당 행위가 발생한 쟁점물품 과 관련하여 ｢방위사업법｣ 제48조제1항 에 따라 방산업체 지정을 취소하고

- 2012.03.02. 방위사업청에서도 같은 법 같은 조 제3항에 따라 쟁점물품의 방산물자지정을 취소함

2. 질의내용

○ 방산업체로 지정을 받은 사업자가 방산물자로 지정된 물품의 공급계약을 방위사업청과 체결하고 그 납품시기 도래 전에 선수금으로 받은 대가에 대해 세금계산서(영세율)를 발급하여 부가가치세 과세 표준으로 신고한 후

- 방산업체 지정과 방산물자 지정이 취소된 경우 이미 신고한 영세율 과세표준을 10% 세율로 수정신고․납부 하여야 하는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제105조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. (중간 생략)

1. 「방위사업법」에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 같은 법 에 따른 방산물자(경찰이 작전용으로 사용하는 것을 포함한다)와 「비상대비자원 관리법」에 따라 중점 관리대상으로 지정된 자가 생산공급하는 시제품(試製品) 및 자원 동원으로 공급하는 용역

조세특례제한법 제105조