영세율세금계산서 교부 후 수정세금계산서(10%) 교부 가능 여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의내용

당법인은 2005.3.18. 창업한 신설법인으로 주로 직수출업체의 염색임가공업을 주업으로 한는 법인임. 당법인은 2005년 어려운 여건하에서도 주로 직수출업체에 염색임가공용역을 제공하므로 수출임가공계약서에 의해 영세율세금계산서를 발행하게 되었음. 신설법인으로 대표이사나 관리직원의 미숙하여 직수출업체가 아니면 수출임가공계약서에 의해서는 영세율세금계산서를 발행하는 것이 아니고 일반과세 세금계산서를 발행하여야 한다는 사실을 착오에 의하여 영세율세금계산서를 발행하여 2005.10.25. 부가가치세신고를 하였음. 당 법인은 신고내용에 착오가 있다는 사실을 알게 되어 당법인은 2006.2.15. 착오사실을 정정하여 수정세금계산서를 발행하여 2006.2.15. 등기우편을 이용하여 업체에 발송하고 당 법인은 2006.2.17. 부가가치세수정신고를 하였음. 이와 같이 당법인처럼 직수출업체가 아닌 업체에 영세율 세금계산서를 발행하였으나 잘못 발행한 사실을 알고 과세세금계산서로 수정세금계산서를 발행 할 수 있는지 알고 싶음. 국세청회신에서는 당사가 추정세금계산서를 발행할 수 없다고 판단되어지는바 과세세금계산서를 발행하였다 영세율이 적용되는 경우 수정세금계산서를 발행할 수 있으며 과세세금계산서를 발행후 면세재화에 해당하는 경우 세관장은 수정세금계산서를 발행하도록 하였음. 이처럼 영세율 또는 면세재화의 경우 착오 등에 의해 과세세금계산서를 발행후 수정사항이 발생한후 수정세금계산서를 발행하여 수정신고 및 경정이 가능하나 당사와 같이 열악한 관리체계를 가진 소규모사업자들은 관리부서의 부재 및 착오에 의해 영세율사업으로 알고 영세율세금계산서를 발행하였다가 과세사업으로 알고 즉시 잘못을 수정하고자 하여도 수정세금계산서를 발행할 수 없다면 과세세금계산서를 발행하고 난뒤 영세율로 환급신청하는 사업자처럼 당사도 정당하게 수정하여 부가가치세를 매입처에서 받아 세금을 납부하고자 하는 기업에게 과도한 부가가치세와 가산세를 부과하는 것이 과연 형평성에 맞는지와 과세세금계산서에서 면세와 영세 율로 변경시 당사처럼 영세율에서 과세세금계산서로의 수정에 무슨 차이가 있는지.

부가가치세법 시행령 제59조 · 부가가치세법 제16조