조정권고안에 따라 부가가치세 감액결정시 법인세 손금불산입처분의 부과제척기간 특례 적용 가능 여부
기준-2019-법령해석기본-0003[법령해석과-785] (2019. 3. 29.)
- 종류
- 예규
- 안건번호
- 기준-2019-법령해석기본-0003[법령해석과-785]
- 회신일
- 2019. 3. 29.
- 소관
- 국세청
법인세 통합조사에서 과다 공제된 매입세액을 부가가치세로 고지하고 이를 법인세 손금산입했으나, 이후 법원 조정권고안을 받아들여 부가가치세를 부과취소한 경우, 그에 상당하는 금액을 다시 법인세 손금불산입하는 처분에 국세기본법 제26조의2 제2항의 부과제척기간 특례가 적용되는지가 쟁점이다. 국세청은 이러한 손금불산입이 부가가치세 환급에 따른 후속처분으로서, 소송에 대한 판결·결정 확정에 따라 이루어지는 '경정결정이나 그 밖에 필요한 처분'에 해당한다고 보았다. 따라서 통상의 제척기간이 지났더라도 판결이 확정된 날부터 1년 내에 손금불산입 처분을 할 수 있다.
【요지】
내국법인이 제기한 소송에 따른 법원의 조정권고안을 과세관청이 받아들여 부가가치세 매입세액을 공제한 후 그에 상당하는 금액을 다시 법인세 손금불산입하는 것은 부가가치세 환급에 따른 후속처분으로 「국세기본법」 제26조의2 제2항에 따른 “경정결정이나 그 밖에 필요한 처분임
【전문】
1. 사실관계
○ 20 14년 oo지방국세청에서 자문대상법인의 2008사업연도부터 2013사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시
- 부가가치세 매입세액을 과다 공제 받은 사유로 2008사업연도부터 2013사업연도 부가가치세를 고지하고 당해 부가가치세에 대해 법인세 손금산입 처분함
- 이에 자문대상법인이 소송 신청하여 2018년 6월 oo고등법원 으로 부터 ‘세무 조사 결과에 따른 각 부가가치세(가산세 포함) 부과 처분 중 xx% 취소’하라는 조정 권고 안에 따라 처분청은 당해 부가가치세에 대해 부과취소함
2. 질의내용
○ 조정권고안에 따라 부가가치세 감액결정시 법인세 손금불산입처분의 부과제척기간 특례 적용 가능 여부
3. 관련법령
○ 국세기본법 제26조의2
【국세 부과의 제척기간】
① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
(중간생략)
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전 까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, ｢감사원법｣에 따른 심사청구 또는 ｢행정소송법｣에 따른 소송에 대한 결정 이나 판결 이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년
【관련법령】
국세기본법 제26조 · 국세기본법 제26조의2