리서치/법령현행

조세특례제한법 제12조의3

조세특례제한법 제12조의3(기술혁신형 합병에 대한 세액공제) (법률 제21738호, 2026. 6. 2. 시행)

종류
법령
공포번호
21738
시행일
2026. 6. 2.
공포일
2026. 6. 2.
소관
재정경제부,행정안전부
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내국법인이 2024.12.31.까지 특수관계인이 아닌 기술혁신형 중소기업을 합병하면, 피합병법인에 지급한 양도가액 중 기술가치금액의 10%를 합병 사업연도 법인세에서 공제한다. 적용요건은 ①1년 이상 계속사업 법인 간 합병 ②양도가액이 피합병법인 순자산시가의 130% 이상 ③피합병법인 주주등이 합병등기일~사업연도 종료일까지 합병법인 지배주주등에 미해당 ④승계사업 계속이며, 세액공제 신청을 해야 한다. 다만 공제 후 3년 내 대통령령 기간에 피합병법인 주주등이 지배주주등이 되거나 승계사업을 폐지하면 공제세액에 이자상당액을 가산해 법인세로 추징하되, 부득이한 사유가 있으면 사업계속으로 본다.

① 내국법인이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 합병(대통령령으로 정하는 특수관계인과의 합병은 제외한다)하는 경우 합병법인이 피합병법인에게 지급한 양도가액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. <개정 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.24, 2021.12.28>

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것

2. 양도가액이 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가의 100분의 130 이상일 것

3. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 합병등기일부터 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 합병법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

4. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인의 지배주주등에 해당하는 경우

2. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우

③ 제1항제4호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 양도가액 및 피합병법인의 순자산시가의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 지배주주등의 범위, 승계받은 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.

제12조의3(기술혁신형 합병에 대한 세액공제)

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