10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 2009.9.14. 개업하여 서울특별시 동대문구 OOO에 위치한 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 의료업을 영위하는 일반과세 사업자이다.나. 동대문세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.1.부터 2024.10.31.까지 조사기간동안 청구인에 대한 개인통합세무조사를 실시한 결과, 청구인이 이중장부 및 차명계좌를 사용하는 등 사기나 그 밖의 부정한 방법으로 2014년부터 2023년까지 10개 과세기간동안 쟁점사업장이 현금 등 수입금액 총 OOO원을 신고누락한 것으로 보아, 조사과세기간 중 2014년부터 2018년까지 사업연도(이하 “쟁점사업연도”이라 한다)는 신고누락 수입금액만 합산하였고, 2019년부터 2023년까지 사업연도는 청구인이 조사 시 제출한 부외경비를 추인하여 처분청에 종합소득세 결의(안) 통보하였다.다. 처분청은 조사청으로부터 통보된 결의(안)에 따라 2014년부터 2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 2024.12.4. 청구인에 경정·고지 하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 이의신청을 거쳐, 2025.8.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견(1) 청구인은 사기나 그 밖의 부정한 행위로 종합소득세를 포탈한 것이 아니므로, 이와 다른 전제에서 10년의 부과제척기간을 적용하고 부정과소신고가산세를 부과한 처분은 위법하다.(가) 종합소득세와 같은 국세는 이를 부과할 수 있는 기간은 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 하나, 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년의 부과제척기간이 적용된다.(나) 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 과소신고가산세로 부과할 수 있음이 원칙이나, 부정행위로 국세를 과소신고한 경우에는 부정행위로 인한 과소신고납부세액의 100분의 40을 부정과소신고가산세로 부과할 수 있으므로, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 과소신고한 경우에 한하여 10년의 부과제척기간을 적용하고 부정과소신고가산세를 부과할 수 있으며, 그렇지 아니한 경우에는 5년의 부과제척기간을 경과하여 한 과세처분은 당연무효가 되며 부정과소신고가산세를 부과할 수 없다.(다) 납세의무자의 행위가 부정행위에 해당하는지 여부는 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격히 해석해야 하며, 조세포탈 목적 등 적극적 은닉 의도에서 비롯된 적극적 은닉행위로 국가의 조세수입을 감소시킨다는 점에 대한 인식이 존재하지 않는다면 부정행위로 평가될 수 없다.1) 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다고 규정하고 있으며, 「조세범 처벌법」 제3조 제6항은

① 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장,

② 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취,

③ 장부와 기록의 파기,

④ 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐,

⑤ 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작,

⑥ 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작,

⑦ 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위가 부정행위에 해당하는 것으로 규정하고 있다.2) 이와 같이 「국세기본법」은 「조세범 처벌법」상 형사처벌의 구성요건인 ‘부정행위’를 준용하여 10년의 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세 규정의 요건을 정하고 있는 것인바, 따라서 납세의무자의 행위가 세법상 ‘부정행위’에 해당하는지 여부를 가림에 있어서도 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야만 한다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두29168 판결 등).3) 이에 따라 대법원은 부정행위란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다고 일관되게 판시하고 있다(대법원 2015.9.15. 선고 2014두252 판결 등 참조).4) 대법원은 위와 같은 전제에서, 납세의무자가 (i) 세법상 요구되는 장부를 비치하지 않거나(대법원 2000.4.21. 선고 99도5355 판결, 대법원 1983.5.10. 선고 83도693 판결), (ii) 세무상 증빙을 구비하지 않거나(대법원 1990.9.11. 선고 90도1491 판결), (iii) 사업자등록을 하지 않는 경우(대법원 1998.12.23. 선고 98도2856 판결)와 같이 납세의무자가 무신고 또는 과소신고와 더불어 세법상 의무를 이행하지 않은 경우에도 그와 같은 부작위만으로는 ‘부정행위’에 해당하지 않는다고 판단하고 있으며, (iv) 설령 납세의무자가 명의를 위장하여 소득을 얻더라도, 명의위장이 조세포탈의 목적에서 비롯되고 나아가 여기에 허위 계약서의 작성과 대금의 허위지급, 과세관청에 대한 허위의 조세 신고, 허위의 등기·등록, 허위의 회계장부 작성·비치 등과 같은 적극적인 행위까지 부가되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 명의위장 사실만으로 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수는 없다고 판단하고 있다(대법원 2018.3.9. 선고 2017두69991 판결).5) 대법원은 납세의무자가

① 본인이 운영하는 홍콩법인의 소득을 사외유출시켜 조세피난처에 설립된 다수의 페이퍼컴퍼니 명의 계좌를 이용하여 관리하고,

② 페이퍼컴퍼니 명의 계좌의 자금을 다시 익명의 회사, 가명인, 또는 계좌번호로만 존재하는 해외금융계좌로 송금하였으며,

③ 위 해외금융계좌에서 관리하던 자금을 조세피난처의 신탁회사로 이전하는 등 비정상적인 거래를 통하여 과세관청의 자금 추적을 어렵게 한 사안에서, 납세의무자가 익명의 회사, 가명인, 또는 계좌번호로만 존재하는 해외금융계좌에서 이자를 수령한 행위와 그 과정에서 이루어진 행위들을 ‘부정행위’에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단(2018.12.13. 선고 2018두128 판결)하였다.특히, 위 대법원 판결은 부과제척기간과 관련하여, (i) 납세의무자가 다수의 중간 회사를 거쳐 계좌 명의 회사 주식을 소유한 것이 통상적인 투자구조 형태를 벗어난다고 볼 수 없는 점, (ii) 명의를 위장한 것만으로 바로 부정행위를 인정하기 부족한 점, (iii) 익명의 회사, 가명인, 또는 계좌번호로만 존재하는 계좌가 개설되고 거기에 돈이 송금되어 이자소득이 발생하는 과정에서 금지되는 불법적인 행위가 있었다고 볼 증거가 없고, (iv) 계좌의 실질소유자로 납세의무자 아닌 타인의 인적사항이 기재되지 않았으며, 계좌의 인출서명권도 납세의무자가 가지고 있는 점 등을 이유로 ‘부정행위’를 인정할 수 없다고 보아 5년의 부과제척기간을 적용하였다.6) 위와 같은 법령 및 판례에 비추어, 청구인이 부정행위로 종합소득세를 포탈하거나 과소신고한 것으로 볼 수 있기 위하여는 청구인이 조세를 포탈할 목적, 적극적인 은닉의도에서 과세관청에 대한 허위의 조세 신고, 허위의 등기·등록, 허위의 회계장부 작성·비치 등과 같은 적극적인 은닉행위까지 부가되는 등의 특별한 사정이 존재하여야 하며, 그렇지 아니한 채 단순히 임신중절수술에 대한 대가로 지급받은 현금 등에 대한 신고를 누락한 것으로 볼 수 있다면 부정행위가 존재하지 않는 것으로 보아야 한다.(2) 청구인은 임신중절수술 사실이 공개되는 것을 우려한 내방환자들의 요청에 따라 전 실장인 a가 현금 또는 직원 계좌로 수수료를 지급받아 부외경비로 지출하고, 그 내역을 엑셀 파일로 정리하도록 한 것에 불과하며, 청구인이 부정행위로 국세를 포탈하거나 과소신고를 한 것이 아니다.(가) 청구인의 행위가 부정행위에 해당하는지 여부는 당초 세무조사의 경과, 당초 처분 및 이의신청의 내용까지 종합적으로 고려하여 살펴볼 필요가 있다.1) 청구인은 「의료법」에 따른 의사로서 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역을 공급하는 자인바, 청구인이 개원하여 산부인과 진료를 하기 시작한 초기만 하더라도 출산율 등이 현재와 같이 낮지 않았고, 이에 개원의 간의 경쟁도 극심하지 않아, 당초에는 인공임신중절수술 용역을 취급하는 의원의 비중이 많지 않았고, 청구인도 당초에는 그러한 용역을 예외적으로만 취급하였다. 이런 경우 청구인은 전체 의료보건용역 용역에 관하여 신용카드 등 양성화된 방법으로 대금을 지급받고, 이에 대해 전체적으로 부가가가치세를 면제받으며, 세무대리인을 통해 소득세, 부가가치세 신고를 하면 충분하였다.2) 그러나, 이후 대한민국의 출산율이 급격히 낮아지고, 정상적인 분만 수술이나 산부인과 진료 등은 대형 병원 위주로만 이루어지게 되었으며, 쟁점사업장과 같은 동네 병원의 수익은 급격히 악화되기 시작하였는바, 청구인도 내방환자들의 요청이 있는 경우 인공임신중절수술 용역을 공급할 수밖에 없게 되었으며, 그러한 경우에는 해당 임신중절수술의 특성상 환자들이 자신의 신분과 수술 이력이 노출되는 것을 꺼리는 경우가 대부분으로, 청구인은 환자들의 요구에 따라 수술비를 현금으로 지급받는 경우가 많았고, 계좌이체를 이용하는 경우 수술 이력이 노출될 가능성이 없도록 청구인의 사업용 계좌나 원장 명의의 계좌가 아닌, 실장 등의 계좌로 이체하도록 하였다.다만, 청구인은 위와 같이 불가피하게 현금 등으로 수술비를 지급받고 그에 대한 매출을 누락하는 경우 종합소득세 과세표준 및 세액을 과소하게 신고될 것이 우려되었으나, 청구인으로서는 인공임신중절수술 용역의 공급 비중이 늘어가는 상황에서, 정확한 수입 및 지출을 관리하고 그에 따라 병원을 유지 및 운영하기 위한 목적에서 위와 같은 인공임신중절수술 용역의 공급내역, 그에 따른 수입 및 지출을 정확하게 파악해야 하기도 하였다.3) 이에 진료 및 수술 등의 업무로 병원의 행정, 세무 등의 업무를 처리할 수 없었던 청구인으로서는, 다른 직원을 통해 인공임신중절수술 용역 및 그에 따른 수입 및 지출을 기록, 관리하도록 하였고, 세무대리인과의 협의에 따라 임신중절수술 용역의 대가로 지급받은 현금 등의 대부분을 곧바로 병원 운영에 필요한 집기류 구매 등의 경비로 지출하거나 봉직의 등의 급여를 보전하는 등의 용도로 사용하도록 하였고, 초기만 하더라도 임신중절수술 용역의 대가로 지급받은 현금 등을 곧바로 병원 운영에 필요한 집기류 구매, 봉직의 등의 급여를 보전하는 등의 용도로 사용하고 남은 금원이 없거나 미미하였으나, 이를 장부상 경비로 계상하기에는 관련 직원 및 세무대리인의 부담이 매우 클 뿐만 아니라 현실적으로 현금 수취 및 사용내역을 일일이 파악하여 기록하기에는 병원 규모가 영세하였던 관계로, 결국 청구인은 봉직의 등의 급여를 포함한 병원 운영 경비를 실제보다 낮게 계상하여 부외경비를 과소신고하는 방법으로 종합소득세 과세표준 및 세액의 과소신고를 최소화해왔고, 인공임신중절수술 용역이라 하더라도 의료보건용역으로서의 성격은 그대로 유지하는 것으로 보아 그 용역의 대가에 대하여 별도로 부가가치세 신고납부를 하지는 않았다.＜표1＞ 5개년 급여내역(단위 : 원)OOO4) 이러한 점을 고려하여, 처분청도 당초 2019～2023년 귀속 종합소득세에 관한 세무조사를 실시하던 중 쟁점부과처분에 나아감에 있어 위와 같이 과소신고된 급여 등의 부외경비를 반영하여 각 과세표준 및 세액을 산정한 바 있으나, 처분청은 당초 위 2019년～2023년 귀속 종합소득세에 관한 세무조사를 하던 중 청구인이 실장 등의 계좌를 사용하였다는 사정 등을 이유로, 청구인이 부정행위로 쟁점사업연도 귀속 종합소득세를 과소하게 신고납부하였다고 보아 조사 범위를 확대하는 한편, 인공임신중절수술 용역은 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역에 포함되지 아니하고, 이에 따라 청구인이 그에 대해 부가가치세를 별도로 신고납부하였어야 함에도 불구하고, 그 부가가치세 매출을 부정행위로 과소신고하였다는 이유로 2014년～2023년 사업연도 부가가치세까지 부과하였다.5) 그러나 청구인의 병원 운영 및 소득세 신고 방식, 특히 부외경비의 과소신고 측면에 있어 쟁점사업연도의 경우와 2019년～2023년의 경우를 달리 볼 아무런 이유가 없고, 쟁점사업연도에 대해서만 신고된 급여(연간 약 OOO원 전후)를 봉직의 등 직원들에게 지급하다가 2019년부터 실 급여액 등을 증가시킨 바도 전혀 없으며, 현실적으로 그와 같은 경비 지출만으로 청구인의 병원을 유지, 운영하는 것은 불가능함에도 불구하고, 처분청은 쟁점사업연도 귀속 종합소득세에 대한 세무조사 및 과세를 함에 있어서는 위 2019년～2023년 귀속 종합소득세의 경우와는 달리 과소신고된 급여 등 부외경비에 대한 확인 및 공제를 일체 하지 아니하였는바, 그로 인해 해당 과세기간에 대해서는 누락된 매출액만을 과세표준에 가산함으로 인해 아래 ＜표2＞와 같이 과세표준 및 세액이 지나치게 과다하게 산정되었다.＜표2＞ 쟁점사업장 세액 종결보고 중 일부(단위 : 원)OOO나아가, 조사청은 청구인이 10년의 기간 동안 부정행위로 부가가치세의 부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였다는 이유로, 부정과소신고가산세를 포함하여 청구인에게 2014년～2023년 부가가치세 부과처분을 하였으나, 과거 「모자보건법」 등에 따라 인공임신중절수술이 제한되었다고 하더라도, 그러한 이유만으로 그 제한 범위 내에서 이루어지는 경우와 달리 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역으로서의 성격이 달라지는 것으로 볼 법령상 근거도 없으며, 청구인 및 내방환자들도 인공임신중절수술이 「모자보건법」상 제한 범위 내에서 이루어지는 임신중절수술과 마찬가지로 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역에 해당하는 것으로 보아 부가가치세 거래징수, 신고납부를 일체 하지 아니하였다.6) 이에 처분청도 쟁점사업연도 귀속 종합소득세를 과세함에 있어서도 2019년～2023년 귀속 종합소득세 과세와 마찬가지로 부외경비를 추가적으로 확인 및 공제해야 한다고 결정하였고, 조사청도 인공임신중절수술 용역은 부가가치세 면제 대상이므로 청구인에게 부가가치세를 부과한 처분은 그 전부가 위법하다고 결정한 것이다.(나) 청구인이 직원명의 계좌로 수술비를 지급받거나 재무제표 파일, 현금흐름표 파일을 작성하도록 한 것은 환자들의 요청에 따라 부득이 임신중절수술비를 현금 등으로 지급받고 이를 관리하여 부외경비로 지출하기 위한 관리 목적에 따른 것에 불과하며, 청구인의 행위는 조세의 부과, 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하기 위한 부정행위에 해당하지 아니하는바, 따라서 이와 다른 전제에서 청구인에게 10년의 장기 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 이루어진 부과처분은 위법하다.1) 이 건에서 처분청은 청구인이 인공임신중절수술 용역에 대한 수수료를 차명계좌 및 현금으로 지급받고 이를 종합소득세의 과세표준에 산입하여 신고하지 아니한 채, 신고를 위한 장부와 별개의 Financial Statement 파일, Cash Flow 파일 및 수술동의서를 작성·관리한 것이 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 또는 차명계좌를 활용한 재산은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐로써 부정행위에 해당한다는 전제에서 청구인에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하고 부정과소신고가산세를 부과하였으나, 이중장부의 작성이나 장부의 거짓 작성, 소득의 은닉을 통한 조세회피 목적에서 이루어진 적극적 은닉행위로서 부정행위에 해당하는 것으로 볼 수는 없다.2) 「국세기본법」 제26조의2 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항 및 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제1호에서 정하는 ‘장부’라 함은 그 규정 취지상 세법상 보관의무가 있는 회계와 관련된 장부와 그 보조장부를 의미하는 것이지, 비망록 등 단순한 사실관계를 기재한 것은 포함되지 않고, 장부의 거짓 기장은 소득의 축소를 위한 수익, 비용과 자산, 부채 및 자본 등 회계항목의 거짓을 의미하는 것이며, 그와 관련 없는 거짓은 포함되지 않고, 법인세와 사업소득세의 과세표준과 세액의 신고 시에는 재무상태표, 손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 등을 첨부하여 제출하여야 하는바, 다른 회계장부의 조작이 없는 세무신고서의 부속서류인 재무상태표, 손익계산서 등의 거짓 작성은 앞서 본 판례의 취지상 사전소득 은닉행위로 볼 수 없고 장부의 거짓 기장이 아닌 허위신고로 보아야 하며, 대신 적극적 은닉 의도가 나타난 사정이 덧붙여진 경우에 한하여 부정행위로 인정이 될 수 있고(대법원 2014.2.21. 선고 2013도13829 판결 등), 차명계좌를 이용한 재산, 소득의 은닉이 사전소득 은닉행위에 해당하는지에 관하여 판례는 일반적으로 다른 사람 명의의 예금계좌를 빌려 예금하였다 하여 그 차명계좌 이용행위 한 가지만으로 구체적인 행위의 동기, 경위 등 정황을 떠나 어느 경우에나 적극적 소득은닉행위가 된다고 단정할 수는 없다는 입장이다(대법원 1999.4.9. 선고 98도667 판결, 대법원 1988.12.27. 선고 86도998 판결 등).3) 우선, 청구인이 비록 내방환자들의 요청에 따라 「모자보건법」상 제한 범위를 벗어나 인공임신중절수술 용역을 공급한다고 하더라도, 이러한 경우에도 그러한 용역은 환자의 신체, 건강에 영향을 미치는 의료보건용역에 해당하여 「의료법」이 적용되는 것으로서, 환자의 자기결정권 보호 등의 차원에서 인공임신중절수술의 경우에도 「의료법」에서 정한 절차 및 방식에 따라 의사 등 의료인에 의하여 행하여져야만 하는 것이고, 이에 「의료법」 제24조의2에 따라 환자 등에 의한 서면 동의가 필요한 것인바, 이러한 이유로 청구인은 의료분쟁 방지 등의 차원에서 위 규정에 따라 환자, 그 보호자나 연인 등 보호자로부터 수술동의서를 징구받은 것에 불과하여, 위와 같은 수술동의서의 작성 및 비치를 이유로 청구인이 부정행위로 조세의 부과, 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였다는 취지의 처분청 의견은 타당하지 아니함이 명백하다.4) 한편, 청구인은 전 실장인 a를 통해 원무를 처리하고, 청구인 및 봉직의 등은 본업인 의료행위에만 매진하였는데. 임신중절수술을 희망하는 내방환자들의 경우 자신의 신분과 수술 이력이 노출되는 것을 꺼리는 경우가 대부분으로 그러한 환자들의 요구에 따라 수술비를 현금으로 지급받는 경우가 많았고, 계좌이체를 이용하는 경우 수술 이력이 노출될 가능성이 없도록 청구인의 사업용 계좌나 원장 명의의 계좌가 아닌, a 등의 계좌로 이체하도록 하였고, 그러한 현금매출, a 등의 계좌로 지급받은 매출은 대부분을 직원들의 급여로 현금 지급을 하거나 기타 부외경비로 지출하였으며, 그 관리 목적에서 a가 재무제표 파일, 현금흐름표 파일을 작성·관리(＜표3＞·＜표4＞ 참조)하고 있었다.＜표3＞ Financial Statement 파일 중 일부(단위 : 원)OOO＜표4＞ Cash Flow 파일(단위 : 원)OOO그런데, 청구인은 총수입금액의 일정 비율을 인센티브 명목으로 봉직의 등 직원들에게 지급하기로 하였는데, a는 그 인센티브 산정을 위해 임신중절수술 수수료로 지급받은 현금매출, 직원계좌를 통해 지급받은 수수료를 합산하여 인센티브를 산정할 필요가 있어, 임신중절수술을 포함한 전반적인 원무를 관리한 a에 의해 인공임신중절수술 용역에 대한 수입금액을 직원명의의 계좌로 지급받거나, 현금으로 지급받고 그에 관한 재무제표 파일, 현금흐름표 파일을 작성, 관리한 것이다.만약 청구인이 인공임신중절수술 용역에 대한 매출, 수입금액을 과소신고한 것이 종합소득세를 포탈하거나 과소신고하기 위한 적극적 은닉의도에서 비롯된 것이었다면, 청구인으로서는 그러한 인공임신중절수술 등을 통해 수취한 현금 등으로 곧바로 지출한 직원들 인건비, 제약사 매입 등의 부외경비는 그대로 신고하는 방법으로 종합소득세의 과세표준 및 세액을 과소신고하였을 것이나, 청구인으로서는 단순히 「모자보건법」을 위반하여 이루어진 인공임신중절수술 용역에 관한 사항들을 양성화하지 않음으로써 내방환자들의 사생활 및 청구인의 영업 내용이 노출되는 것을 방지하는 함과 동시에, 그 내역을 관리하기 위한 목적에서 위와 같은 수술동의서, 재무제표 파일, 현금흐름표 파일을 작성하여 비치하도록 한 것에 불과하다.5) 그리고 처분청은 청구인이 여러 사람의 차명계좌를 통해 인공임신중절수술 용역의 대가를 분산 관리하는 등의 방법으로 소득을 은닉, 은폐하였고, 이러한 측면에서도 청구인이 부정행위로 조세의 부과, 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하였다는 의견이나, 인공임신중절수술 용역의 대가를 지급받은 직원 계좌도 조세회피 목적에서 동시에 여러 계좌를 사용하여 분산 수취한 것이 아니라, 특정 시점에 임신중절수술 관련 행정 업무를 전담하는 특정 직원 한 사람의 계좌를 사용하였을 뿐이며, 그 직원의 퇴사 등에 따라 담당 직원, 계좌가 시점에 따라 여러 차례 변경이 되었을 뿐이며, 인공임신중절수술 용역의 대가 중 위와 같이 직원명의 계좌로 수취하여 관리된 금원의 경우에도 앞서 설명드린 현금매출의 경우와 마찬가지로 전체적으로 재무제표 파일, 현금흐름표 파일을 통해 관리된 것이고, 위 현금매출의 경우와 별도로 관리되거나 누락된 바도 전혀 없다.그렇다면, 청구인이 직원명의 계좌로 인공임신중절수술 용역의 대가 중 일부를 수취하였다고 하더라도, 이는 청구인이 그 나머지 대가 일부를 현금으로 수취한 것과 마찬가지로 환자의 사생활 보호 등의 차원에서 대금을 수취하는 방법에 불과한 것이고, 그것만으로 별도의 독자적인 부정행위를 구성하는 것으로 볼 수는 없는데, 개인사업자의 모든 현금매출, 해당 매출 누락 및 과소신고(허위신고)가 부정행위를 구성하지 않고, 그러한 현금매출, 과소신고 등에 더하여 조세의 부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위가 존재하여야 하는바, 앞서 설명한 바와 같이 재무제표 파일 및 현금흐름표의 작성은 이에 해당하지 아니하며, 달리 청구인이 조세의 부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하기 위한 부정행위를 한 바는 없다.6) 위와 같은 수술동의서, 재무제표 파일 및 현금흐름표의 작성 경위, 형식, 작성자 및 직원 계좌를 사용한 임실중절 수수료 수취 경위 및 태양 등에 비추어 볼 때, 위 각 서류들은 「국세기본법」 제26조의2, 같은 법 시행령 제12조의2 제1항 및 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제1호에서 정하는 ‘장부’가 아니라 a가 현금매출 등을 관리하기 위한 목적에서 작성한 서류에 불과하고, 따라서 a가 위 각 서류들을 작성한 것은 이중장부의 작성이나 장부의 거짓 작성에 해당하는 것으로 볼 수 없다.따라서, 위 각 서류에 포함된 현금매출을 뺀 나머지 카드 매출, 임신중절수술 수수료를 제외한 나머지 매출만을 포함한 장부를 작성하고 이에 따른 소득세 신고서류들을 작성하여 비치한 것은 단순한 신고서류의 거짓 기재 및 허위신고에 해당할 뿐이므로, 적극적 은닉 의도에서 비롯된 적극적 행위가 부가되지 아니하는 이상 부정행위에 해당하는 것으로 볼 수 없고, 환자들의 수술 사실이 노출되지 않도록 하기 위한 목적에서 이루어진 것임은 분명한바, 그렇다면 위와 같은 청구인의 행위가 조세의 부과, 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 부정행위에 해당하는 것으로 볼 수는 없다.7) 위와 같이, 청구인이 의료행위에 매진하면서 a로 하여금 전반적인 원무를 관리하게 하는 과정에서, a가 내방환자들의 요청에 따라 환자의 신원, 수술 사실이 노출되지 아니하도록 환자의 요청에 맞추어 임신중절수술 수수료를 현금으로 수취하거나, 병원의 사업용 계좌 등이 아닌 임신중절수술 수수료 업무를 전담하는 특정 직원의 계좌로 수취하도록 하는 한편, 그러한 요청이 없는 경우에는 여성 환자의 가족, 남자친구 등의 신용카드로 수수료를 지급받은 사정 등을 종합한다면, 재무제표 파일 및 현금흐름표의 작성 및 현금 수취, 직원 계좌의 사정은 조세회피의 목적과는 무관하게 이루어진 허위신고, 과소신고에 불과한 것이고, 이중장부의 작성이나 장부의 거짓 작성, 소득의 은닉을 통한 조세회피 목적에서 이루어진 적극적 은닉행위로서 부정행위에 해당하는 것으로 볼 수는 없으므로, 청구인의 부정행위를 전제로 하여 청구인에게 10년의 장기부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하는 것은 허용될 수 없다.(3) 이상과 같이 청구인이 사기 기타 부정한 방법으로 종합소득세과세표준 및 세액을 과소하게 신고납부한 것으로 볼 수는 없으므로, 쟁점부과처분 중 5년의 부과제척기간이 경과하여 이루어진 쟁점사업연도 귀속분 부과처분 및 부정과소신고가산세 부과처분은 위법하다.나. 처분청 의견(1) 청구인은 조사과정에서 조사청이 확보한 자료는 조세회피를 위해 의도적으로 작성한 이중 및 은닉장부가 아니라 현금으로 수취한 수입금액 및 현금 지출한 비용을 관리하기 위한 장부라 주장하나,(가) 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임하에 계속적 반복적으로 행하는 활동을 통해 얻는 사업소득에 대하여 납세자는 세법에 따라 성실하게 세금을 신고하고 납부할 의무가 있음에도 청구인은 환자들의 요구로 부득이하게 수술비 등을 현금으로 지급받는 경우가 많고 환자들이 병원 방문 이력이 노출되지 않도록 사업용 계좌가 및 청구인의 계좌가 아닌 직원명의의 차명계좌로 수령하였으며, 해당 수입금액을 과소 신고하였다.(나) 청구인은 병원 유지 및 운영을 목적으로 수입 및 지출을 정확하게 관리 및 파악을 위하여 조사 과정에서 확보한 2014년부터 2023년까지 10년간 120건의 Cash Flow, 10건의 Financial Statement를 작성하였으며, 해당 업무를 3명의 부원장과 직원들이 관리하도록 지시하였다.(다) 청구인은 현금으로 받은 수입을 곧바로 병원 운영비로 사용하여 이익 발생이 크지 않고, 급여 의사와 직원들에게 현금으로 지급하는 급여를 반영하여 급여 신고를 할 경우 직원들에게 부담을 준다는 이유로 경비를 의도적으로 과소 신고함으로써 실질적인 매출을 집계한 장부가 아닌 수년간 수입금액을 OOO여원에 맞추어 종합소득세를 신고한 것으로 보아 계획적·조직적으로 매출누락 행위를 유지했다.(라) 청구인의 주장대로 해당 장부가 단순히 현금 수입 및 경비 지출을 정리한 장부라고 한다면, 이를 반영하여 종합소득세 수입금액 및 필요경비를 계산하여 신고하여야 하나, 매출액을 단순히 메모하는 수준을 뛰어넘어 동일한 형식을 기해 10년 이상의 과세기간 동안 계속적·반복적으로 행한 점 및 해당 자료를 무시하고 일정한 수입금으로 종합소득세를 신고한 점으로 볼 때 단순 현금매출 누락 및 단순 신고누락으로 보기는 어렵다.(2) 수입금액을 과소 신고한 행위가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’가 아니므로 10년의 장기 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하는 것은 부당하다고 청구인은 주장하나,(가) 청구인은 청구서에 차명계좌 사용 및 해당 장부를 청구인의 지시로 직원들이 관리하도록 지시하였으며, 수입금액 및 지출 경비를 과소하게 신고하고 있음을 인지하고 있었다고 기술하였다.(나) 청구인이 환자들의 요구로 재무 담당 직원(부원장)들의 계좌를 사용하였다고 하였으나, 차명계좌의 계좌주는 쟁점사업장의 재무담당 직원임에도 불구하고 쟁점사업장이 아닌 청구인이 대표이사로 재직하고 있는 법인(주식회사 B)의 근로소득자로 소득자료가 제출된바, 과세관청에서 통상 세무조사 과정에서도 발견할 수 없도록 계획적으로 수입금액을 은닉하고자 차명계좌를 사용하였다.(다) 청구인은 상기와 같이 현금 및 차명계좌를 이용하여 수취한 수입금액을 정리한 장부가 아닌 다른 장부(이중장부)에 기록하여 정리하였고, 해당 업무를 사업주로서 관리하고 지시하였으며, 이는 쟁점사업장의 부원장 겸 재무담당 2명의 문답서에서 확인 할 수 있다.(라) 조사청은 이러한 행위에 대하여 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 보아 조세범칙조사 및 조세포탈로 인한 범칙심의를 거쳐 범칙처분하였다.(3) 청구인은 10년의 장기간 동안 청구인 명의가 아닌 조사청이 알 수 없는 직원의 차명계좌를 사용하고 현금으로 수술비 등을 수취하여 해당 수입금액을 이중장부 작성 지시 및 관리를 하였으며, 수입금액 및 필요경비 과소신고 하는 것을 인지하고 있음에도 장기간 동일한 행위를 반복하고 수입금액을 과소신고 하였으므로, 이는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 할 목적의 적극적인 은닉행위에 해당하는바, 10년의 부과제척기간 및 부정 과소신고가산세를 적용하여 종합소득세를 부과한 처분은 타당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점현금매출누락을 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하고 부정과소신고가산세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.제16조(근거과세)

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.제26조의2(국세의 부과제척기간)

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.1. 부정행위로 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고를 과소신고한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우 : 다음 각 목의 금액 중 큰 금액에 제1항 제1호 나목에 따른 금액을 더한 금액가. 제1항 제1호 가목에 따른 금액나. 부정행위로 과소신고된 과세표준관련 수입금액에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액(2) 국세기본법 시행령제12조의2(부정행위의 유형 등)

① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.(3) 조세범 처벌법제3조(조세 포탈 등)

⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취3. 장부와 기록의 파기4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위(4) 의료법제2조(의료인)

① 이 법에서 “의료인”이란 보건복지부장관의 면허를 받은 의사ㆍ치과의사ㆍ한의사ㆍ조산사 및 「간호법」에 따른 간호사(이하 “간호사”라 한다)를 말한다.

② 의료인은 종별에 따라 다음 각 호의 임무를 수행하여 국민보건 향상을 이루고 국민의 건강한 생활 확보에 이바지할 사명을 가진다.1. 의사는 의료와 보건지도를 임무로 한다.제12조(의료기술 등에 대한 보호)

① 의료인이 하는 의료ㆍ조산ㆍ간호 등 의료기술의 시행(이하 “의료행위”라 한다)에 대하여는 이 법이나 다른 법령에 따로 규정된 경우 외에는 누구든지 간섭하지 못한다.다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.(가) 조사청은 쟁점사업장의 2014년～2023년 사업연도에 대하여 2024.8.1.부터 2024.10.31.까지 비정기 개인통합조사를 실시하였다가 조세범칙조사로 전환하여 아래 ＜표5＞와 같이 2014∼2023년 사업연도의 은닉 장부, 수술동의서 및 차명계좌 이용내역 등을 징취하여 현금 및 차명계좌를 통해 수령한 인공임신중절수술 진료 및 수술비에 대한 사업장의 실제 매출을 확인하고, 조사청은 신고누락한 수입금액 OOO원을 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보았으며, 청구인이 제출한 직접 대응원가 등(2019∼2023년 사업연도)을 추인하여 2024.12.4. 청구인에게 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.＜표5＞ 연도별 종합소득세 수입금액 및 경정내역(단위 : 원)OOO(나) 조사청은 2024.11.12. 아래 ＜표6＞의 사기·기타 부정한 행위 혐의로 청구인에 대해 OOO국세청 OOO국장(조세범칙조사심의위원회)에 조세포탈 범칙처분 심의요청(조사과-OOO)을 하였고, 2024.11.21. OOO국세청 OOO국장은 청구인에 대하여 「조세범 처벌법」 제3조(조세포탈 등)에 해당하므로 「조세범 처벌절차법」 제15조 제1항에 따라 주된 범칙행위자인 청구인에 대해 통고처분을 결정하였다.＜표6＞ 청구인에 대한 조세포탈 범칙처분 심의요청서 일부 3. 조세범칙조사 결과 처분 심의요구 사유

① 조사내용 요약 - 2014년～2023년 기간에 대해 조사대상자 조경훈의 조사결과, 수입금액 신고누락 OOO원 적출하고 소득세 등 총 OOO원 부과처분 예정

② 사기·기타 부정한 행위 혐의내용 - 「모자보건법」을 위반하여, 태아가 산모의 건강을 심각하게 해칠 우려 등이 입증되지 않았음에도 무분별하게 인공임신중절수술을 행하고, - 무려 10년간에 걸쳐, 회계담당자 3명이 인수인계를 통해 동일한 방식으로 이중장부 작성 및 차명계좌 사용을 통해 현금 수입금액 OOO원을 신고누락 행태를 유지해온 것으로 보아, 고의적으로 사기·기타 부정한 행위를 통해 조세를 포탈한 것으로 판단됨 (다) 청구인은 2025.3.4. 이의신청을 제기하였고, 이의신청 결과 2025.5.27. 청구인에게 한 쟁점사업연도 귀속 종합소득세 부과처분은 총 수입금액에 산입한 매출누락 금액에 대응하는 부외경비 재조사하라는 결정에 따라, 조사청은 쟁점사업연도 부외경비를 반영하여 2025.8.14. 종합소득세 OOO원을 경정감 결정(＜표7＞ 참조)하였다.＜표7＞ 이의신청 후 재조사 결정에 따른 경정감내역(단위 : 원)OOO(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 내방환자들의 요청에 따라 인공임신중절수술 용역을 공급함에 있어 해당 수술의 특성상 환자들이 자신의 신분과 수술이력이 노출되는 것을 꺼리는 환자들의 요구에 따라 수술비를 현금으로 지급받는 경우가 많고, 계좌이체를 이용하는 경우 수술 이력이 노출될 가능성이 있어 불가피하게 청구인의 사업용 계좌나 원장 명의의 계좌가 아닌 실장 등 직원명의 계좌로 이체하여 사용한 것이므로 이는 단순 신고누락에 불과하고, 신고누락한 금액은 봉직의 인건비와 경비 등 부외비용으로 지출하여 실제로 탈세를 한 것이 없었기에 이를 부정행위로 보아 10년의 국세부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 처분한 것은 부당하다고 주장하나,조사청에서 적출한 과소신고 수입금액은 OOO원으로, 과소신고 수입금액이 실제 수입금액의 많은 부분을 차지하고 있는 점, 이러한 신고누락 행위가 10년 이상의 과세기간 동안 계속적·반복적으로 발생한 점을 볼 때, 이러한 매출 누락이 청구인이 주장하는 단순 신고누락 행위라고 보기는 어려운 점, 청구인은 이중장부 작성 및 차명계좌를 통해 수술비를 수취하고 재무 담당 직원에게 수입금액 과소신고 행위를 지시하고 그에 따른 인건비 등 경비 또한 과소 신고하고, 고액의 수입금액을 차명계좌로 계속적·반복적으로 입금받아 이중장부를 작성하였으며, 사업용 계좌 또는 대표자 명의의 금융계좌가 아니라 실장 등 직원명의 차명계좌를 이용하여 수술비를 수취하여 과세당국이 이를 쉽게 파악하기 어려웠을 것으로 보이는 점, 차명계좌를 이용하여 매출액을 장기간에 걸쳐 신고누락한 것에 대하여 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 할 목적의 적극적인 은닉행위에 해당하는 것으로 보아, 처분청이 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.